Avant la construction de la cathédrale en pierre de l'Épiphanie, un temple en bois avec une salle à manger dédié à saint Nicolas de Myre, le miracleur, existait déjà dans le monastère. Selon l'inventaire monastique de 1629-1630, en plus de la cathédrale de l'Épiphanie, il y avait dans le monastère un temple avec une salle à manger de Nicolas le Miracleur, la cellule de l'archimandrite, dix cellules pour les frères, où vivaient vingt-sept moines, quatre cellules vides, une boulangerie, une cuisine, un frigo, trois greniers, une maison de porte et une clôture en bois.

Aujourd'hui, la route menant au monastère conduit directement à l'église de Saint-Nicolas, entourée de deux tours, qui ont été conservées depuis la construction initiale de 1691. L'église en pierre, érigée en 1685 grâce aux fonds des propriétaires terriens de Rostov, les Meschérin, a été gravement endommagée par des incendies en 1730 et 1826. Elle a été reconstruite sous la direction de l'architecte P.Ya. Pankov entre 1826 et 1837. C'est également à cette époque que la cloche a été érigée dans le style classique, et un portique classique est apparu sur la façade ouest.