Музей был основан в 1918 году и открыл свои двери для посетителей 28 мая 1919 года. В настоящее время его коллекция насчитывает около 95 000 экспонатов, включая уникальные деревянные скульптуры, древнерусские иконы, монастырские сокровища, а также предметы крестьянского и дворянского быта. Музей управляет самым старым архитектурным памятником Центральной России, Спасо-Преображенским собором XII века. Среди филиалов музея, усадьба "Ботик Петра I", где хранится борт "Фортуна" из "потешной флотилии" Петра I, и "Усадьба Ганшиных", единственное место в Ярославской области, связанное с именем В.И. Ленина. Музей ежегодно привлекает более 200 тысяч посетителей, предлагая экскурсии по выставкам и городу, а также разнообразные игровые и историко-художественные программы для всех возрастов. Ежегодные мероприятия музея, такие как "Рождество в музее", "Ночь в музее", "Остров детства" и "Российскому флоту быть!", собирают тысячи гостей.