Музей истории Красноярского района был основан по постановлению главы администрации района № 1093 от 9 августа 1999 года. В 2001 году, согласно решению администрации № 953 от 1 августа, он получил статус муниципального музея.

В том же году был открыт отдел природы и археологии, концепция которого была разработана совместно с Самарским областным историко-краеведческим музеем имени П. В. Алабина. В 2002 году, после изучения архивных документов, была проведена экспедиция в село Старая Бинарадка, где обнаружили лагерь и кладбище немецких военнопленных.

Музей охватывает всю историю, интересную жителям Красноярского района. В конце 1990-х был создан оргкомитет для организации работ по созданию музея, который возглавил методист районного центра детско-юношеского творчества Юрий Васильевич Брыков. В состав оргкомитета вошли Валентина Алексеевна Кузюрина, Иван Кириллович Сидоров, Наталья Ивановна Косырева, Юрий Андреевич Пеннер, Алексей Геннадьевич Бушов и Светлана Николаевна Жаднова. Работа началась с обращений в музеи европейской части России, где проходили боевые действия в годы Великой Отечественной войны, с целью установления мест захоронения красноярцев. Многие музеи откликнулись, предоставив документы, которые помогли в создании фондов, посвященных в основном Великой Отечественной войне. Для музея выделили помещение в районной школе площадью более ста квадратных метров.

Параллельно проводилась научно-исследовательская экспедиция по району, в которой участвовали сотрудники музея и руководители школьных краеведческих кружков. Директор музея Юрий Брыков ездил в Волгоград для согласования участия красноярцев в военно-полевой экспедиции по поиску погибших под Сталинградом. С 2002 по 2004 год было проведено четыре экспедиции, в ходе которых подняли и перезахоронили останки 200 бойцов.

Первыми экспонатами музея стали одежда, воспоминания, документы и фотографии. Основной задачей было сохранение памяти, что и стало стимулом для создания музея. Для пополнения фондов и патриотического воспитания населения в рамках акции «Память» были организованы четыре экспедиции в Волгоградскую область и одна в Смоленскую, в которых участвовали 50 человек.

В 2003 году совместно с Самарским областным музеем была реконструирована историческая битва на реке Кондурча между Тимуром Тамерланом и ханом Золотой Орды Тохтамышем, что стало началом упадка Золотой Орды.

По результатам этнографических экспедиций был составлен кадастр памятников для Департамента культуры Самарской области. Научные изыскания привели к открытию уникальных памятников, важных для развития района, таких как памятник учителю Серафимову, захоронение в селе Хилково и останки редута в селе Гундоровка.

Для изучения природных и архитектурных памятников на реке Сок была организована водная экспедиция с участием 18 членов детского молодежного объединения «Красноярский краевед». Собранные материалы легли в основу книги «Путешествие по р. Сок» и разработки туристических маршрутов.

В 2004 году была организована экспедиция в поселок Красный городок, где находился интернат для инвалидов ВОВ. Несмотря на неудачи в поиске участников тех лет, были записаны воспоминания сотрудников интерната. Также записан видеосюжет о Раковском женском монастыре. В экспедиции участвовали 26 человек из разных сел.

Зимой 2004 и 2005 годов был снят фильм о радиостанции имени Попова, построенной в военные годы. Найдены бывшие позиции зенитных батарей вокруг поселка Новосемейкино. В музее создана экспозиция о радиостанции.

В том же году открыта экспозиция «Модели военной техники», посвященная 60-летию Победы. Жители села Красный Яр активно участвовали в сборке моделей. Сотрудники музея сняли видеоматериал о ветеранах и тружениках тыла, а также о военных объектах района. В процессе работы познакомились с летчиком Петром Амосовым, награжденным медалью «За освобождение Белграда».

9 мая в селах Красный Яр и Белозерки прошла презентация фильма «Эх, дорожки фронтовые», посвященного Дню Победы. Полная версия фильма была показана к 61-й годовщине Победы.

На фестивале «Музейный пикник» в Тольятти прошла выставка «Скобяная лавка Стекольщикова», а на фестивале «Битва на реке Кондурча» был представлен макет Красноярской крепости.

Музей приобрел коллекцию акварельных рисунков художника Гайнуллина, посвященных природным и памятным местам района.