Das Museum für Geschichte des Krasnojarsker Gebiets wurde durch den Beschluss des Leiters der Verwaltung des Gebiets Nr. 1093 vom 9. August 1999 gegründet. Im Jahr 2001 erhielt es gemäß dem Beschluss der Verwaltung Nr. 953 vom 1. August den Status eines kommunalen Museums.

Im selben Jahr wurde die Abteilung für Natur und Archäologie eröffnet, deren Konzept gemeinsam mit dem Samara Regionalen Geschichts- und Heimatmuseum benannt nach P. V. Alabin entwickelt wurde. Im Jahr 2002 fand nach der Untersuchung von Archivdokumenten eine Expedition ins Dorf Stara Binaradka statt, wo ein Lager und ein Friedhof deutscher Kriegsgefangener entdeckt wurden.

Das Museum umfasst die gesamte Geschichte, die für die Bewohner des Krasnojarsker Gebiets von Interesse ist. Ende der 1990er Jahre wurde ein Organisationskomitee zur Organisation der Arbeiten zur Gründung des Museums gegründet, das von dem Methodisten des regionalen Zentrums für Kinder- und Jugendkreativität, Jurij Wasiljewitsch Brykow, geleitet wurde. Dem Organisationskomitee gehörten Walentina Alexejewna Kusjurina, Iwan Kirillowitsch Sidorow, Natalja Iwanowna Kossyrew, Jurij Andrejewitsch Penner, Alexej Gennadjewitsch Buschow und Swetlana Nikolajewna Schadnowa an. Die Arbeit begann mit Anfragen an Museen in der europäischen Region Russlands, wo während des Zweiten Weltkriegs Kämpfe stattfanden, um die Grabstätten der Krasnojarsker zu ermitteln. Viele Museen reagierten und stellten Dokumente zur Verfügung, die bei der Schaffung von Sammlungen halfen, die hauptsächlich dem Zweiten Weltkrieg gewidmet sind. Für das Museum wurde ein Raum in der regionalen Schule mit einer Fläche von über hundert Quadratmetern bereitgestellt.

Parallel dazu fand eine wissenschaftliche Expedition im Gebiet statt, an der Mitarbeiter des Museums und Leiter von schulischen Heimatkundekreisen teilnahmen. Der Direktor des Museums, Jurij Brykow, reiste nach Wolgograd, um die Teilnahme der Krasnojarsker an einer militärischen Feldexpedition zur Suche nach Gefallenen bei Stalingrad zu koordinieren. Von 2002 bis 2004 wurden vier Expeditionen durchgeführt, bei denen die Überreste von 200 Kämpfern geborgen und umgebettet wurden.

Die ersten Exponate des Museums waren Kleidung, Erinnerungen, Dokumente und Fotografien. Die Hauptaufgabe war die Bewahrung des Gedächtnisses, was zum Anreiz für die Gründung des Museums wurde. Zur Auffüllung der Sammlungen und zur patriotischen Erziehung der Bevölkerung wurden im Rahmen der Aktion „Erinnerung“ vier Expeditionen in die Region Wolgograd und eine nach Smolensk organisiert, an denen 50 Personen teilnahmen.

Im Jahr 2003 wurde gemeinsam mit dem Samara Regionalmuseum die historische Schlacht am Fluss Kondercha zwischen Timur Tamerlan und dem Khan der Goldenen Horde Tokhtamysh rekonstruiert, was den Beginn des Niedergangs der Goldenen Horde markierte.

Aufgrund ethnographischer Expeditionen wurde ein Katalog der Denkmäler für das Kulturministerium der Region Samara erstellt. Wissenschaftliche Forschungen führten zur Entdeckung einzigartiger Denkmäler, die für die Entwicklung des Gebiets wichtig sind, wie das Denkmal für den Lehrer Serafimow, die Grabstätte im Dorf Chilkovo und die Überreste eines Redouts im Dorf Gundorovka.

Zur Erforschung der natürlichen und architektonischen Denkmäler am Fluss Sok wurde eine Wasserexpedition mit 18 Mitgliedern der Kinder- und Jugendvereinigung „Krasnojarsker Heimatkunde“ organisiert. Die gesammelten Materialien bildeten die Grundlage für das Buch „Reise am Fluss Sok“ und die Entwicklung von Touristenrouten.

Im Jahr 2004 wurde eine Expedition ins Dorf Krasny Gorodok organisiert, wo sich ein Internat für Kriegsversehrte befand. Trotz der Misserfolge bei der Suche nach Teilnehmern jener Jahre wurden die Erinnerungen der Mitarbeiter des Internats aufgezeichnet. Auch wurde ein Video über das Rakowskij Frauenkloster gedreht. An der Expedition nahmen 26 Personen aus verschiedenen Dörfern teil.

Im Winter 2004 und 2005 wurde ein Film über die Radiostation namens Popow gedreht, die in den Kriegsjahren erbaut wurde. Die ehemaligen Positionen der Flakbatterien rund um das Dorf Novosemejkino wurden gefunden. Im Museum wurde eine Ausstellung über die Radiostation geschaffen.

Im selben Jahr wurde die Ausstellung „Modelle militärischer Technik“ eröffnet, die dem 60. Jahrestag des Sieges gewidmet ist. Die Bewohner des Dorfes Krasny Jar beteiligten sich aktiv am Bau der Modelle. Die Mitarbeiter des Museums drehten Videomaterial über Veteranen und Arbeiter der Heimatfront sowie über militärische Objekte des Gebiets. Im Laufe der Arbeit lernten sie den Piloten Peter Amosow kennen, der mit der Medaille „Für die Befreiung Belgrads“ ausgezeichnet wurde.

Am 9. Mai fand in den Dörfern Krasny Jar und Belozerki die Präsentation des Films „Eh, Frontwege“ statt, der dem Tag des Sieges gewidmet ist. Die vollständige Version des Films wurde zum 61. Jahrestag des Sieges gezeigt.

Auf dem Festival „Museumspicknick“ in Togliatti fand die Ausstellung „Eisenwarenladen Stekolschtikow“ statt, und auf dem Festival „Schlacht am Fluss Kondercha“ wurde ein Modell der Krasnojarsker Festung präsentiert.

Das Museum erwarb eine Sammlung von Aquarellzeichnungen des Künstlers Gainullin, die den natürlichen und historischen Orten des Gebiets gewidmet sind.