El museo de historia del distrito de Krasnoyarsk fue fundado por resolución del jefe de la administración del distrito № 1093 del 9 de agosto de 1999. En 2001, según la decisión de la administración № 953 del 1 de agosto, obtuvo el estatus de museo municipal.

Ese mismo año se abrió el departamento de naturaleza y arqueología, cuya concepción fue desarrollada conjuntamente con el Museo Histórico y Regional de Samara P. V. Alabin. En 2002, tras el estudio de documentos de archivo, se llevó a cabo una expedición al pueblo de Stara Binaradka, donde se descubrió un campamento y un cementerio de prisioneros de guerra alemanes.

El museo abarca toda la historia que interesa a los residentes del distrito de Krasnoyarsk. A finales de los años 90 se creó un comité organizador para organizar los trabajos de creación del museo, encabezado por el metodólogo del centro de creatividad infantil y juvenil del distrito, Yuri Vasilyevich Brykov. El comité organizador incluyó a Valentina Alexeyevna Kuzurina, Ivan Kirilovich Sidorov, Natalia Ivanovna Kosyreva, Yuri Andreyevich Penner, Alexey Gennadyevich Bushov y Svetlana Nikolaevna Zhadnova. El trabajo comenzó con solicitudes a museos de la parte europea de Rusia, donde se llevaron a cabo acciones de combate durante la Gran Guerra Patria, con el objetivo de establecer los lugares de enterramiento de los krasnoyarenses. Muchos museos respondieron, proporcionando documentos que ayudaron en la creación de fondos, dedicados principalmente a la Gran Guerra Patria. Se asignó un local para el museo en una escuela del distrito con una superficie de más de cien metros cuadrados.

Paralelamente, se llevó a cabo una expedición de investigación científica por el distrito, en la que participaron empleados del museo y líderes de círculos de estudios locales escolares. El director del museo, Yuri Brykov, viajó a Volgogrado para coordinar la participación de los krasnoyarenses en una expedición militar de campo para buscar a los caídos en Stalingrado. Desde 2002 hasta 2004 se realizaron cuatro expediciones, durante las cuales se exhumaron y reenterraron los restos de 200 combatientes.

Los primeros exposiciones del museo fueron ropa, recuerdos, documentos y fotografías. La tarea principal era preservar la memoria, lo que se convirtió en el estímulo para la creación del museo. Para enriquecer los fondos y fomentar la educación patriótica de la población, se organizaron cuatro expediciones a la región de Volgogrado y una a Smolensk, en las que participaron 50 personas.

En 2003, junto con el museo de la región de Samara, se reconstruyó la batalla histórica en el río Kondurcha entre Timur Tamerlán y el Khan de la Horda de Oro Toktamish, lo que marcó el inicio del declive de la Horda de Oro.

Como resultado de las expediciones etnográficas, se elaboró un catastro de monumentos para el Departamento de Cultura de la región de Samara. Las investigaciones científicas llevaron al descubrimiento de monumentos únicos, importantes para el desarrollo del distrito, como el monumento al maestro Serafimov, el enterramiento en el pueblo de Hilkovo y los restos de un reducto en el pueblo de Gundorovka.

Para estudiar los monumentos naturales y arquitectónicos en el río Sok, se organizó una expedición acuática con la participación de 18 miembros de la asociación juvenil infantil "Krasnoyarsk Local History". Los materiales recopilados sirvieron de base para el libro "Viaje por el río Sok" y el desarrollo de rutas turísticas.

En 2004, se organizó una expedición al asentamiento de Krasny Gorodok, donde se encontraba un internado para discapacitados de la Segunda Guerra Mundial. A pesar de los fracasos en la búsqueda de participantes de esos años, se registraron los recuerdos de los empleados del internado. También se grabó un reportaje sobre el monasterio femenino Rakovsky. En la expedición participaron 26 personas de diferentes pueblos.

En invierno de 2004 y 2005 se filmó una película sobre la estación de radio Popov, construida en los años de guerra. Se encontraron antiguas posiciones de baterías antiaéreas alrededor del asentamiento de Novosemeykino. Se creó una exposición sobre la estación de radio en el museo.

Ese mismo año se inauguró la exposición "Modelos de Tecnología Militar", dedicada al 60 aniversario de la Victoria. Los residentes del pueblo de Krasny Yar participaron activamente en el ensamblaje de modelos. Los empleados del museo grabaron material de video sobre veteranos y trabajadores del frente, así como sobre los objetos militares del distrito. En el proceso de trabajo, conocieron al piloto Pyotr Amosov, galardonado con la medalla "Por la Liberación de Belgrado".

El 9 de mayo, en los pueblos de Krasny Yar y Belozerki, se presentó la película "Eh, caminos del frente", dedicada al Día de la Victoria. La versión completa de la película se mostró para el 61 aniversario de la Victoria.

En el festival "Picnic del Museo" en Tolyatti, se llevó a cabo una exposición "Tienda de Ferretería Stekolshtchikov", y en el festival "Batalla en el río Kondurcha" se presentó un modelo de la fortaleza de Krasnoyarsk.

El museo adquirió una colección de acuarelas del artista Gainullin, dedicadas a los lugares naturales y monumentales del distrito.