Le musée d'histoire du district de Krasnoïarsk a été fondé par un décret du chef de l'administration du district n° 1093 du 9 août 1999. En 2001, conformément à la décision de l'administration n° 953 du 1er août, il a obtenu le statut de musée municipal.

La même année, un département de la nature et de l'archéologie a été ouvert, dont le concept a été élaboré en collaboration avec le musée historique et régional de Samara nommé P. V. Alabine. En 2002, après l'étude de documents d'archives, une expédition a été menée dans le village de Staraïa Binardka, où un camp et un cimetière de prisonniers de guerre allemands ont été découverts.

Le musée couvre toute l'histoire qui intéresse les habitants du district de Krasnoïarsk. À la fin des années 1990, un comité d'organisation a été créé pour organiser les travaux de création du musée, dirigé par le méthodiste du centre de créativité pour les enfants et les jeunes du district, Youri Vassilievitch Brykov. Le comité d'organisation comprenait Valentina Alexeïevna Kouzyrina, Ivan Kirillovitch Sidorov, Natalia Ivanovna Kossyreva, Youri Andreïevitch Penner, Alexeï Gennadievitch Bouchev et Svetlana Nikolaevna Jadnova. Le travail a commencé par des demandes adressées aux musées de la partie européenne de la Russie, où des combats ont eu lieu pendant la Grande Guerre patriotique, afin d'établir les lieux d'inhumation des Krasnoïarsk. De nombreux musées ont répondu, fournissant des documents qui ont aidé à la création de fonds principalement consacrés à la Grande Guerre patriotique. Un local de plus de cent mètres carrés a été attribué au musée dans une école du district.

Parallèlement, une expédition de recherche scientifique a été menée dans le district, à laquelle ont participé des employés du musée et des responsables de cercles d'histoire scolaire. Le directeur du musée, Youri Brykov, s'est rendu à Volgograd pour coordonner la participation des Krasnoïarsk à une expédition militaire de terrain pour retrouver les disparus sous Stalingrad. De 2002 à 2004, quatre expéditions ont été menées, au cours desquelles les restes de 200 combattants ont été exhumés et réinhumés.

Les premiers objets exposés au musée étaient des vêtements, des souvenirs, des documents et des photographies. L'objectif principal était de préserver la mémoire, ce qui est devenu le moteur de la création du musée. Pour enrichir les fonds et promouvoir l'éducation patriotique de la population, quatre expéditions ont été organisées dans la région de Volgograd et une dans la région de Smolensk, auxquelles ont participé 50 personnes.

En 2003, en collaboration avec le musée régional de Samara, la bataille historique sur la rivière Koundourcha entre Tamerlan et le khan de la Horde d'Or Tokhtamysh a été reconstituée, marquant le début du déclin de la Horde d'Or.

À la suite des expéditions ethnographiques, un cadastre des monuments a été établi pour le Département de la culture de la région de Samara. Les recherches scientifiques ont conduit à la découverte de monuments uniques, importants pour le développement du district, tels que le monument au professeur Serafimov, l'inhumation dans le village de Khilkovo et les restes d'un redoute dans le village de Goundorovka.

Pour étudier les monuments naturels et architecturaux sur la rivière Sok, une expédition aquatique a été organisée avec la participation de 18 membres de l'association de jeunes « Krasnoïarsk local ». Les matériaux collectés ont servi de base au livre « Voyage sur la rivière Sok » et à l'élaboration de circuits touristiques.

En 2004, une expédition a été organisée dans le village de Krasny Gorodok, où se trouvait un internat pour les invalides de la Seconde Guerre mondiale. Malgré les échecs dans la recherche des participants de ces années-là, les souvenirs des employés de l'internat ont été enregistrés. Un reportage vidéo sur le monastère féminin de Rakovo a également été réalisé. L'expédition a rassemblé 26 personnes de différents villages.

En hiver 2004 et 2005, un film a été tourné sur la station de radio nommée Popov, construite pendant les années de guerre. Les anciennes positions des batteries anti-aériennes autour du village de Novosemeikino ont été retrouvées. Une exposition sur la station de radio a été créée au musée.

La même année, une exposition « Modèles de matériel militaire » a été ouverte, dédiée au 60e anniversaire de la Victoire. Les habitants du village de Krasny Yar ont activement participé à l'assemblage des modèles. Les employés du musée ont réalisé un matériel vidéo sur les vétérans et les travailleurs de l'arrière, ainsi que sur les installations militaires du district. Au cours de ce travail, ils ont rencontré le pilote Piotr Amosov, décoré de la médaille « Pour la libération de Belgrade ».

Le 9 mai, dans les villages de Krasny Yar et de Belozerski, une présentation du film « Eh, chemins de front » a eu lieu, dédiée à la Journée de la Victoire. La version complète du film a été projetée à l'occasion du 61e anniversaire de la Victoire.

Au festival « Pique-nique de musée » à Togliatti, une exposition « Quincaillerie de Stekolshtchikov » a eu lieu, et au festival « Bataille sur la rivière Koundourcha », un modèle de la forteresse de Krasnoïarsk a été présenté.

Le musée a acquis une collection de dessins à l'aquarelle de l'artiste Gainoulin, consacrée aux lieux naturels et mémorables de la région.