В 1999 году был создан Городской музей, который 12 января 2001 года представил первую постоянную экспозицию под названием «Югорск. От легенды до точки на карте». В этой выставке нашли своё место археологические и этнографические коллекции музея.

В 2002 году, в 6 километрах от Югорска, появился музей под открытым небом. Эта экспозиция представляет собой реконструкцию традиционного поселения жителей левобережья Нижней Оби и северо-уральских предгорий. В её состав входят жилой дом с внутренним убранством, священные сумьяхи для хранения духов-покровителей семьи, хозяйственные лабазы и навесы, летняя кухня, хлебная печь, будки для собак, загон для оленей и охотничьи ловушки.

В 2005 году два музея объединились в Музей истории и этнографии. В 2007 году, к 45-летию Югорска, была открыта новая постоянная экспозиция «Линии судьбы, точка пересечения», которая подробно иллюстрирует историю региона и города. В ней представлены не только археологические и этнографические коллекции, отражающие быт и традиции пелымских манси, но и материалы, посвящённые 50-летней истории Югорска: личные вещи, фотографии и документы горожан, а также предметы труда и быта 1960-1990-х годов. История Югорска уникально отражает ключевые события современной эпохи Западной Сибири, включая освоение лесных богатств и недр, строительство железных дорог и появление новых городов среди тайги и болот.