28 января 1986 года министр высшего и среднего специального образования РСФСР И. Ф. Образцов подписал приказ об учреждении музея археологии и этнографии Алтая. Перед его созданием преподаватели, сотрудники кафедры и лаборатории археологии, а также студенты провели значительную экспедиционную работу, начавшуюся в 1974 году. Они исследовали районы горного и степного Алтая, проводили раскопки и собрали обширный археологический материал, который стал основой музейной экспозиции. С 1978 года, после создания «Лаборатории археологии, этнографии и истории Алтая», работа по пополнению фондов музея стала более целенаправленной.

Значительную роль в становлении музея сыграла выставка археологических памятников Алтая, организованная в 1984 году к приезду японских археологов. Она разместилась в помещении Музея истории образования на Алтае.

Первым шагом в формировании музея стало создание археологической экспозиции к визиту члена ЦК КПСС Гейдара Алиева. Этот визит был важен для университета, так как Василий Иванович Неверов был доверенным лицом Алиева. В 1985 году под руководством Юрия Фёдоровича Кирюшина началась активная работа над созданием музейной экспозиции. Юрий Фёдорович привлёк всех сотрудников лаборатории археологии для отбора самых интересных находок из накопленного материала. Археологи разместили уникальные экспонаты, охватывающие практически все археологические культуры.

Первую экскурсию по музею провёл Ю. Ф. Кирюшин в сопровождении ректора АГУ В. И. Неверова и других высокопоставленных лиц. Гейдар Алиев, как историк, высоко оценил уникальный археологический материал, собранный сотрудниками лаборатории.

В дальнейшем сотрудники начали проводить тематические лекции-экскурсии. Второй этап развития музея начался осенью 1985 года, когда Г. Л. Нехведавичюс приступил к усовершенствованию экспозиции. В это время Василий Иванович Неверов вместе с ректоратом подготовил и отправил в Министерство документы для обоснования необходимости открытия музея археологии.

Музей был официально открыт приказом министра И. Ф. Образцова для улучшения учебно-воспитательного процесса в Алтайском университете и получил название «Музей археологии и этнографии Алтая».

Материалы музея были собраны в ходе полевых исследований, проводимых с 1975 года на территории Алтайского края. Фонды музея ежегодно пополнялись новыми находками. В настоящее время в музее насчитывается более 100 000 зарегистрированных предметов, относящихся к разным историческим периодам от среднего палеолита до позднего средневековья, а также этнографические свидетельства.

Фонды музея включают экспозиционный, археологический, этнографический и антропологический отделы, а также архив, в котором хранится 77 506 единиц. Экспозиционный отдел насчитывает более 1600 единиц хранения, а архив содержит отчёты археологических экспедиций и материалы этнографических экспозиций.

Музей археологии АлтГУ служит базой для научной работы студентов. На его основе проводятся археологическая, этнографическая и педагогическая практики, а также занятия для студентов, изучающих музеологию. Музей обеспечивает практическую подготовку студентов исторического факультета, позволяя им работать с музейными предметами и экспозиционными материалами.

Музей активно занимается профориентационной деятельностью, проводя научно-образовательные лекции-экскурсии для школьников. Музей посещают до 3000 человек в год, а более 50 специалистов из разных вузов страны работают с его фондами. На базе музея проходят научные конференции и выставки.