Le 28 janvier 1986, le ministre de l'enseignement supérieur et de l'enseignement spécialisé de la RSFSR, I. F. Obraztsov, a signé un ordre pour la création du musée d'archéologie et d'ethnographie de l'Altaï. Avant sa création, des enseignants, des employés du département et du laboratoire d'archéologie, ainsi que des étudiants, ont mené un travail d'expédition significatif, commencé en 1974. Ils ont exploré les régions montagneuses et steppiques de l'Altaï, effectué des fouilles et rassemblé un vaste matériel archéologique qui est devenu la base de l'exposition muséale. Depuis 1978, après la création du « Laboratoire d'archéologie, d'ethnographie et d'histoire de l'Altaï », le travail d'enrichissement des collections du musée est devenu plus ciblé.

Un rôle important dans la formation du musée a été joué par l'exposition des monuments archéologiques de l'Altaï, organisée en 1984 à l'occasion de la visite des archéologues japonais. Elle s'est tenue dans les locaux du Musée de l'histoire de l'éducation en Altaï.

Le premier pas dans la formation du musée a été la création d'une exposition archéologique pour la visite du membre du CC du PCUS, Heydar Aliyev. Cette visite était importante pour l'université, car Vasily Ivanovich Neverov était le représentant de Aliyev. En 1985, sous la direction de Yuri Fyodorovich Kiryushin, un travail actif a commencé pour créer l'exposition muséale. Yuri Fyodorovich a impliqué tous les employés du laboratoire d'archéologie pour sélectionner les trouvailles les plus intéressantes parmi le matériel accumulé. Les archéologues ont exposé des objets uniques, couvrant pratiquement toutes les cultures archéologiques.

La première visite guidée du musée a été menée par Yu. F. Kiryushin en compagnie du recteur de l'AGU, V. I. Neverov, et d'autres personnalités de haut rang. Heydar Aliyev, en tant qu'historien, a hautement apprécié le matériel archéologique unique rassemblé par les employés du laboratoire.

Par la suite, les employés ont commencé à organiser des conférences thématiques-visites. La deuxième étape du développement du musée a commencé à l'automne 1985, lorsque G. L. Nekhvedavichus a commencé à améliorer l'exposition. À cette époque, Vasily Ivanovich Neverov, avec l'administration, a préparé et envoyé au ministère des documents justifiant la nécessité d'ouvrir le musée d'archéologie.

Le musée a été officiellement ouvert par un ordre du ministre I. F. Obraztsov pour améliorer le processus éducatif à l'université de l'Altaï et a été nommé « Musée d'archéologie et d'ethnographie de l'Altaï ».

Les matériaux du musée ont été rassemblés lors de recherches de terrain menées depuis 1975 sur le territoire du kraï de l'Altaï. Les fonds du musée sont chaque année enrichis de nouvelles trouvailles. Actuellement, le musée compte plus de 100 000 objets enregistrés, appartenant à différentes périodes historiques allant du moyen paléolithique à la fin du Moyen Âge, ainsi que des témoignages ethnographiques.

Les fonds du musée comprennent des départements d'exposition, d'archéologie, d'ethnographie et d'anthropologie, ainsi qu'un archive contenant 77 506 unités. Le département d'exposition compte plus de 1600 unités de stockage, et l'archive contient des rapports d'expéditions archéologiques et des matériaux d'expositions ethnographiques.

Le musée d'archéologie de l'Altaï AGU sert de base pour le travail scientifique des étudiants. Sur sa base, des pratiques archéologiques, ethnographiques et pédagogiques sont menées, ainsi que des cours pour les étudiants étudiant la muséologie. Le musée assure la formation pratique des étudiants de la faculté d'histoire, leur permettant de travailler avec des objets muséaux et des matériaux d'exposition.

Le musée s'engage activement dans des activités d'orientation professionnelle, organisant des conférences éducatives pour les écoliers. Le musée est visité par jusqu'à 3000 personnes par an, et plus de 50 spécialistes de différentes universités du pays travaillent avec ses fonds. Des conférences scientifiques et des expositions ont lieu dans le musée.