Am 28. Januar 1986 unterzeichnete der Minister für Hochschul- und Fachschulbildung der RSFSR I. F. Obraztsov einen Erlass zur Gründung des Museums für Archäologie und Ethnographie Altai. Vor seiner Gründung führten Dozenten, Mitarbeiter der Abteilung und des Labors für Archäologie sowie Studenten umfangreiche Expeditionen durch, die 1974 begannen. Sie untersuchten die Gebiete des Berg- und Steppenaltai, führten Ausgrabungen durch und sammelten umfangreiche archäologische Materialien, die die Grundlage der Museumsausstellung bildeten. Seit 1978, nach der Gründung des „Labors für Archäologie, Ethnographie und Geschichte Altai“, wurde die Arbeit zur Erweiterung der Sammlungen des Museums gezielter.

Eine bedeutende Rolle bei der Etablierung des Museums spielte die Ausstellung archäologischer Denkmäler Altai, die 1984 anlässlich des Besuchs japanischer Archäologen organisiert wurde. Sie fand in den Räumen des Museums für Bildungsgeschichte in Altai statt.

Der erste Schritt zur Bildung des Museums war die Schaffung einer archäologischen Ausstellung anlässlich des Besuchs des Mitglieds des ZK der KPSS Geidar Aliyev. Dieser Besuch war für die Universität wichtig, da Wassili Ivanovich Neverov ein Vertrauensmann von Aliyev war. 1985 begann unter der Leitung von Jurij Fjodorowitsch Kirjuschin die aktive Arbeit an der Schaffung der Museumsausstellung. Jurij Fjodorowitsch zog alle Mitarbeiter des Archäologielabors zur Auswahl der interessantesten Funde aus dem gesammelten Material heran. Die Archäologen präsentierten einzigartige Exponate, die nahezu alle archäologischen Kulturen abdeckten.

Die erste Führung durch das Museum leitete J. F. Kirjuschin in Begleitung des Rektors der AGU W. I. Neverov und anderer hochrangiger Persönlichkeiten. Geidar Aliyev, als Historiker, schätzte das einzigartige archäologische Material, das von den Mitarbeitern des Labors gesammelt wurde, sehr.

In der Folge begannen die Mitarbeiter, thematische Vorträge und Führungen durchzuführen. Die zweite Entwicklungsphase des Museums begann im Herbst 1985, als G. L. Nechvedavichus mit der Verbesserung der Ausstellung begann. Zu dieser Zeit bereitete Wassili Ivanovich Neverov zusammen mit der Rektorat die Dokumente für das Ministerium vor, um die Notwendigkeit der Eröffnung des Archäologiemuseums zu begründen.

Das Museum wurde offiziell durch einen Erlass des Ministers I. F. Obraztsov zur Verbesserung des Lehr- und Erziehungsprozesses an der Altai-Universität eröffnet und erhielt den Namen „Museum für Archäologie und Ethnographie Altai“.

Die Materialien des Museums wurden im Rahmen von Feldforschungen gesammelt, die seit 1975 im Gebiet des Altai-Kraj durchgeführt wurden. Die Bestände des Museums wurden jährlich durch neue Funde ergänzt. Derzeit umfasst das Museum mehr als 100.000 registrierte Objekte, die verschiedenen historischen Perioden vom mittleren Paläolithikum bis zur späten Mittelalter sowie ethnografische Zeugnisse zugeordnet sind.

Die Bestände des Museums umfassen die Abteilungen für Ausstellung, Archäologie, Ethnographie und Anthropologie sowie ein Archiv, in dem 77.506 Einheiten aufbewahrt werden. Die Ausstellungsabteilung umfasst mehr als 1600 Objekte, und das Archiv enthält Berichte über archäologische Expeditionen und Materialien ethnografischer Ausstellungen.

Das Museum für Archäologie der AltGU dient als Basis für die wissenschaftliche Arbeit der Studenten. Auf seiner Grundlage werden archäologische, ethnografische und pädagogische Praktika sowie Veranstaltungen für Studenten, die Museologie studieren, durchgeführt. Das Museum gewährleistet die praktische Ausbildung der Studenten der Geschichtsabteilung, indem es ihnen ermöglicht, mit Museumsobjekten und Ausstellungsmaterialien zu arbeiten.

Das Museum engagiert sich aktiv in der Berufsorientierung und führt wissenschaftlich-educative Vorträge und Führungen für Schüler durch. Jährlich besuchen bis zu 3000 Personen das Museum, und mehr als 50 Spezialisten aus verschiedenen Hochschulen des Landes arbeiten mit seinen Beständen. Auf der Basis des Museums finden wissenschaftliche Konferenzen und Ausstellungen statt.