Первоначально больница располагалась в 13 отдельных деревянных зданиях. Она включала 150 коек, богадельню на 100 человек, работный дом для мужчин и инвалидный дом для бывших военнослужащих. Со временем в разных районах Москвы начали появляться филиалы Екатерининской больницы, которые позже стали самостоятельными лечебными учреждениями: Ново-Екатерининское, Мясницкое, Яузское, Басманное, Преображенское и другие.

В 1835 году больница была переименована в Старо-Екатерининскую. После того как больница, организованная на Страстном бульваре у Петровских ворот, отделилась и стала называться Ново-Екатерининской, прежняя получила название Старо-Екатерининской.

В 1890 году в гинекологическом корпусе Старо-Екатерининской больницы открылось родильное отделение на 7 коек. В этом отделении в 1896 году профессор Дмитрий Вигилев впервые в Москве провел кесарево сечение.

В 1906 году были открыты еще два филиала родильного отделения.

В 1907 году родильные приюты объединили в одно учреждение, Городской родильный дом при Старо-Екатерининской больнице.

В 1908 году на средства семьи Морозовых были построены два этажа нового корпуса родильного дома.

В 1910 году на пожертвования меценатов было возведено трехэтажное здание с главным входом со стороны 3-й Мещанской улицы, получившее название "Родильный дом имени Морозовых при Старо-Екатерининской больнице". Позже его название изменилось: в 1924 году роддом стал называться "Пролетарский родильный дом". С 1936 года он функционировал как городской роддом №8 Дзержинского района Москвы.

Больница несколько раз меняла название: Московский клинический институт (МКИ), Московский областной клинический институт (МОКИ, МОКИ МедВУЗ), Московский областной научно-исследовательский клинический институт (МОНИКИ).

С 2012 года она носит название "Государственное бюджетное учреждение здравоохранения Московской области Московский областной научно-исследовательский клинический институт" (ГБУЗ МО МОНИКИ).