Inicialmente, el hospital estaba ubicado en 13 edificios de madera separados. Contaba con 150 camas, un asilo para 100 personas, una casa de trabajo para hombres y un hogar para veteranos discapacitados. Con el tiempo, comenzaron a aparecer sucursales del hospital Ekaterininskaya en diferentes distritos de Moscú, que más tarde se convirtieron en instituciones médicas independientes: Novo-Ekaterininskoye, Myasnitskoye, Yauzskoye, Basmannoye, Preobrazhenskoye y otros.

En 1835, el hospital fue renombrado como el Viejo Ekaterininskaya. Después de que el hospital, organizado en el bulevar Strastnoy cerca de las puertas de Petrovsky, se separó y pasó a llamarse Nuevo Ekaterininskaya, el anterior recibió el nombre de Viejo Ekaterininskaya.

En 1890, se abrió una sala de maternidad con 7 camas en el edificio ginecológico del Viejo Ekaterininskaya. En esta sala, en 1896, el profesor Dmitry Vigilev realizó la primera cesárea en Moscú.

En 1906, se abrieron otras dos sucursales de la sala de maternidad.

En 1907, los refugios de maternidad se unieron en una sola institución, la Casa de Maternidad Municipal del Viejo Ekaterininskaya.

En 1908, con fondos de la familia Morozov, se construyeron dos pisos de un nuevo edificio para la casa de maternidad.

En 1910, con donaciones de mecenas, se erigió un edificio de tres pisos con la entrada principal desde la calle 3ª Meshchanskaya, que recibió el nombre de "Casa de Maternidad de los Morozov en el Viejo Ekaterininskaya". Más tarde, su nombre cambió: en 1924, la casa de maternidad pasó a llamarse "Casa de Maternidad Proletaria". Desde 1936, funcionó como la casa de maternidad municipal No. 8 del distrito Dzerzhinsky de Moscú.

El hospital cambió de nombre varias veces: Instituto Clínico de Moscú (MKI), Instituto Clínico de la Región de Moscú (MOKI, MOKI MedVUZ), Instituto Clínico de Investigación de la Región de Moscú (MONIKI).

Desde 2012, lleva el nombre de "Instituto Clínico de Investigación de la Región de Moscú, institución presupuestaria estatal de salud" (GBUZ MO MONIKI).