В Париже 14 ноября 1888 года состоялось торжественное открытие Института Пастера в присутствии президента Франции Мари Франсуа Сади Карно. Это научное учреждение было построено и оснащено на средства, собранные по международной подписке, и его первым директором стал основоположник микробиологии Луи Пастер. Институт создавался для поддержки его работы.

Институт Пастера является ведущим мировым центром в области изучения инфекционных заболеваний. Здесь были сделаны важные открытия, которые способствовали борьбе с такими заболеваниями, как дифтерия, столбняк, туберкулез, полиомиелит, грипп, желтая лихорадка и чума. В 1983 году здесь был открыт вирус ВИЧ.

С 1908 года восемь ученых института стали лауреатами Нобелевской премии в области медицины и физиологии. Среди них был русский ученый Илья Ильич Мечников, который получил премию в 1908 году. Мечников переехал в Париж в 1887 году и получил лабораторию в институте Пастера. С 1905 года он занимал пост заместителя директора.

Сегодня Институт Пастера является старейшим и крупнейшим научно-практическим учреждением в области микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. Он занимается исследованиями в области биологии, микроорганизмов, инфекционных заболеваний и вакцин. В институте более 100 научно-исследовательских лабораторий, богатая библиотека, а также научно-исследовательские и учебные отделения, лаборатории по производству вакцин и сывороток, больница и школа для подготовки среднего медицинского персонала. Институт Пастера также является центром сети научно-исследовательских учреждений, включающей 24 института за пределами Франции, в том числе в Санкт-Петербурге.

Летом 1888 года Эмиль Ру по просьбе Луи Пастера отправил Мечникову планы строящегося института и попросил сообщить свои пожелания по устройству его комнат. Мечников был первым, кого Пастер пригласил работать в институт. В 1888 году Мечников приехал в Париж и начал исследования по фагоцитозу. К нему потянулись молодые ученые из Европы. Среди первых его учеников были англичанин Рюффер и русский врач Николай Чистович. Позже к ним присоединились ученые из Франции, Японии, Италии, Бельгии и Румынии, а также многие русские ученые, такие как Н.Ф. Гамалея, Д.К. Заболотный и другие. Вскоре в двух комнатах стало тесно, и Пастер выделил Мечникову второй этаж южного крыла здания.

Через лабораторию Мечникова прошло много русских исследователей, которые стали его учениками. Многие из них, проработав в институте от нескольких месяцев до нескольких лет, возвращались на родину, где занимали кафедры, организовывали лаборатории и создавали свои научные направления.

В институте три года стажировался Александр Чичкин, известный как "молочный король". Он построил торгово-производственную империю и создал социально ориентированный бизнес.