Am 14. November 1888 fand in Paris die feierliche Eröffnung des Pasteur-Instituts im Beisein des französischen Präsidenten Marie François Sadi Carnot statt. Diese wissenschaftliche Einrichtung wurde mit Mitteln aus einer internationalen Spendenaktion erbaut und ausgestattet, und ihr erster Direktor wurde der Begründer der Mikrobiologie Louis Pasteur. Das Institut wurde zur Unterstützung seiner Arbeit gegründet.

Das Pasteur-Institut ist ein führendes weltweites Zentrum für die Erforschung von Infektionskrankheiten. Hier wurden wichtige Entdeckungen gemacht, die zur Bekämpfung von Krankheiten wie Diphtherie, Tetanus, Tuberkulose, Poliomyelitis, Grippe, Gelbfieber und Pest beigetragen haben. Im Jahr 1983 wurde hier das HIV-Virus entdeckt.

Seit 1908 wurden acht Wissenschaftler des Instituts mit dem Nobelpreis für Medizin und Physiologie ausgezeichnet. Unter ihnen war der russische Wissenschaftler Ilja Iljitsch Mechnikow, der 1908 den Preis erhielt. Mechnikow zog 1887 nach Paris und erhielt ein Labor im Pasteur-Institut. Ab 1905 war er stellvertretender Direktor.

Heute ist das Pasteur-Institut die älteste und größte wissenschaftlich-praktische Einrichtung im Bereich Mikrobiologie, Epidemiologie und Immunologie. Es forscht in den Bereichen Biologie, Mikroorganismen, Infektionskrankheiten und Impfstoffe. Im Institut gibt es mehr als 100 Forschungsinstitute, eine umfangreiche Bibliothek sowie Forschungs- und Ausbildungsabteilungen, Labore zur Herstellung von Impfstoffen und Seren, ein Krankenhaus und eine Schule zur Ausbildung von medizinischem Fachpersonal. Das Pasteur-Institut ist auch ein Zentrum eines Netzwerks von Forschungseinrichtungen, das 24 Institute außerhalb Frankreichs umfasst, darunter in Sankt Petersburg.

Im Sommer 1888 schickte Émile Roux auf Bitte von Louis Pasteur Mechnikow die Pläne des im Bau befindlichen Instituts und bat ihn, seine Wünsche zur Gestaltung seiner Räume mitzuteilen. Mechnikow war der erste, den Pasteur einlud, im Institut zu arbeiten. 1888 kam Mechnikow nach Paris und begann mit Forschungen zum Phagozytose. Junge Wissenschaftler aus Europa strömten zu ihm. Zu seinen ersten Schülern gehörten der Engländer Rüffer und der russische Arzt Nikolai Chistovich. Später gesellten sich Wissenschaftler aus Frankreich, Japan, Italien, Belgien und Rumänien sowie viele russische Wissenschaftler wie N.F. Gamaleja, D.K. Sabolotny und andere dazu. Bald wurde es in zwei Räumen eng, und Pasteur wies Mechnikow das zweite Stockwerk des südlichen Flügels des Gebäudes zu.

Durch Mechnikows Labor gingen viele russische Forscher, die seine Schüler wurden. Viele von ihnen kehrten nach einigen Monaten bis mehreren Jahren im Institut in ihre Heimat zurück, wo sie Lehrstühle einnahmen, Labore organisierten und ihre eigenen wissenschaftlichen Richtungen schufen.

Im Institut absolvierte Alexander Tschitschin, bekannt als der "Milchkönig", drei Jahre lang ein Praktikum. Er baute ein Handels- und Produktionsimperium auf und schuf ein sozial orientiertes Unternehmen.