En París, el 14 de noviembre de 1888, se llevó a cabo la inauguración solemne del Instituto Pasteur en presencia del presidente de Francia, Marie François Sadi Carnot. Esta institución científica fue construida y equipada con fondos recaudados por suscripción internacional, y su primer director fue el fundador de la microbiología, Louis Pasteur. El instituto fue creado para apoyar su trabajo.

El Instituto Pasteur es un centro mundial líder en el estudio de enfermedades infecciosas. Aquí se han realizado importantes descubrimientos que han contribuido a la lucha contra enfermedades como la difteria, el tétanos, la tuberculosis, la poliomielitis, la gripe, la fiebre amarilla y la peste. En 1983, se descubrió el virus VIH aquí.

Desde 1908, ocho científicos del instituto han sido galardonados con el Premio Nobel en Medicina y Fisiología. Entre ellos se encontraba el científico ruso Ilya Ilyich Mechnikov, quien recibió el premio en 1908. Mechnikov se mudó a París en 1887 y obtuvo un laboratorio en el instituto Pasteur. Desde 1905, ocupó el cargo de subdirector.

Hoy en día, el Instituto Pasteur es la institución científica y práctica más antigua y grande en el campo de la microbiología, epidemiología e inmunología. Se dedica a la investigación en biología, microorganismos, enfermedades infecciosas y vacunas. El instituto cuenta con más de 100 laboratorios de investigación, una rica biblioteca, así como departamentos de investigación y enseñanza, laboratorios de producción de vacunas y sueros, un hospital y una escuela para la formación de personal médico medio. El Instituto Pasteur también es el centro de una red de instituciones de investigación científica que incluye 24 institutos fuera de Francia, incluyendo uno en San Petersburgo.

En el verano de 1888, Emil Roux, a petición de Louis Pasteur, envió a Mechnikov los planos del instituto en construcción y le pidió que comunicara sus deseos sobre la disposición de sus habitaciones. Mechnikov fue el primero a quien Pasteur invitó a trabajar en el instituto. En 1888, Mechnikov llegó a París y comenzó investigaciones sobre la fagocitosis. Jóvenes científicos de Europa se acercaron a él. Entre sus primeros alumnos estaban el inglés Ruffer y el médico ruso Nikolai Chistovich. Más tarde se unieron a ellos científicos de Francia, Japón, Italia, Bélgica y Rumanía, así como muchos científicos rusos, como N.F. Gamaleya, D.K. Zabolotny y otros. Pronto, en dos habitaciones se volvió estrecho, y Pasteur le asignó a Mechnikov el segundo piso del ala sur del edificio.

A través del laboratorio de Mechnikov pasaron muchos investigadores rusos que se convirtieron en sus alumnos. Muchos de ellos, tras trabajar en el instituto de unos meses a varios años, regresaban a su patria, donde ocupaban cátedras, organizaban laboratorios y creaban sus propias líneas de investigación.

En el instituto, Alexander Chichkin, conocido como el "rey de la leche", realizó una pasantía de tres años. Construyó un imperio comercial y de producción y creó un negocio orientado socialmente.