После убийства в 1905 году генерал-губернатора Москвы, великого князя Сергея Александровича, его вдова, великая княгиня Елизавета Федоровна, продала часть своих драгоценностей, чтобы приобрести купеческую усадьбу на Большой Ордынке. Там она начала создавать Марфо-Мариинскую обитель милосердия, посвященную двум сестрам: Марфе, символизирующей служение ближнему, и Марии, олицетворяющей духовную жизнь. Обитель была предназначена для помощи больным и бедным, а также для утешения тех, кто находится в горе и скорби.

22 мая 1908 года, в праздник Вознесения Господня, состоялась закладка соборного храма во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Храм строился до 1912 года под руководством архитектора А. Щусева в стиле древнерусской архитектуры. Для росписи храма Елизавета Федоровна пригласила художников Михаила Нестерова, Павла Корина и скульптора Сергея Коненкова. Нестеров создал композиции «Путь к Христу» с 25 фигурами, «Христос у Марфы и Марии», «Утро Воскресения», а также подкупольное изображение Бога Саваофа и лик Спаса над порталом. В храме была устроена потайная лестница, ведущая в подземную усыпальницу, расписанную Корином на тему «Путь праведников ко Господу», где настоятельница завещала себя похоронить. На фасаде Покровской церкви был изображен вид Иерусалима с ротондой Гроба Господня и куполом церкви Марии Магдалины, в память о посещении Святой Земли. Двенадцать колоколов звонницы были настроены под «Ростовский звон». Маленький храм, рассчитанный на тысячу человек, также предполагался как лекционный зал. В 1920-х годах в Покровском соборе располагался дом санитарного просвещения, а затем реставрационные мастерские. В больничном корпусе с церковью святых Марфы и Марии находилась амбулатория имени профессора Ф.А. Рейна.

Возрождение обители началось в 1990 году с открытия памятника великой княгине Елизавете Федоровне, созданного В.М. Клыковым во дворе обители. Сегодня обитель живет новой жизнью, продолжая следовать целям, заложенным еще в дореволюционную эпоху.