Después del asesinato en 1905 del general-gobernador de Moscú, el gran duque Sergio Alexandrovich, su viuda, la gran duquesa Elisaveta Fedorovna, vendió parte de sus joyas para adquirir una mansión comercial en la Gran Ordynka. Allí comenzó a crear el monasterio de misericordia Marfo-Mariinsky, dedicado a dos hermanas: Marfa, que simboliza el servicio al prójimo, y María, que personifica la vida espiritual. El monasterio estaba destinado a ayudar a los enfermos y pobres, así como a consolar a aquellos que se encuentran en duelo y aflicción.

El 22 de mayo de 1908, en la festividad de la Ascensión del Señor, se llevó a cabo la colocación de la primera piedra del templo catedral en honor a la Protección de la Santísima Virgen. El templo se construyó hasta 1912 bajo la dirección del arquitecto A. Shchusev en el estilo de la arquitectura rusa antigua. Para la pintura del templo, Elisaveta Fedorovna invitó a los artistas Mikhail Nesterov, Pavel Korin y al escultor Sergey Konenkov. Nesterov creó composiciones como "El camino hacia Cristo" con 25 figuras, "Cristo con Marfa y María", "La mañana de la Resurrección", así como una imagen de Dios Sabaoth bajo la cúpula y el rostro del Salvador sobre el portal. En el templo se instaló una escalera secreta que conducía a la cripta subterránea, pintada por Korin con el tema "El camino de los justos hacia el Señor", donde la abadesa legó ser enterrada. En la fachada de la iglesia de la Protección se representó una vista de Jerusalén con la rotonda del Santo Sepulcro y la cúpula de la iglesia de María Magdalena, en memoria de la visita a la Tierra Santa. Las doce campanas del campanario fueron afinadas al "toque de Rostov". El pequeño templo, diseñado para mil personas, también estaba destinado a ser un salón de conferencias. En la década de 1920, en la catedral de la Protección se ubicó una casa de educación sanitaria, y luego talleres de restauración. En el edificio del hospital con la iglesia de los santos Marfa y María se encontraba la ambulancia del profesor F.A. Rein.

El renacimiento del monasterio comenzó en 1990 con la apertura de un monumento a la gran duquesa Elisaveta Fedorovna, creado por V.M. Klykov en el patio del monasterio. Hoy el monasterio vive una nueva vida, continuando con los objetivos establecidos aún en la época prerrevolucionaria.