Après l'assassinat en 1905 du gouverneur général de Moscou, le grand-duc Serge Alexandrovitch, sa veuve, la grande-duchesse Élisabeth Fiodorovna, a vendu une partie de ses bijoux pour acquérir une propriété marchande sur la Grande Ordynka. Là, elle a commencé à créer le monastère Marfo-Mariinsky de la miséricorde, dédié à deux sœurs : Marfa, symbolisant le service aux autres, et Maria, incarnant la vie spirituelle. Le monastère était destiné à aider les malades et les pauvres, ainsi qu'à consoler ceux qui sont dans la douleur et le chagrin.

Le 22 mai 1908, lors de la fête de l'Ascension, la pose de la première pierre de la cathédrale au nom de la Protection de la Sainte Vierge a eu lieu. L'église a été construite jusqu'en 1912 sous la direction de l'architecte A. Shchusev dans le style de l'architecture russe ancienne. Pour la décoration de l'église, Élisabeth Fiodorovna a invité les artistes Mikhaïl Nesterov, Pavel Korine et le sculpteur Sergueï Konenkov. Nesterov a créé des compositions telles que « Le chemin vers le Christ » avec 25 figures, « Christ chez Marfa et Maria », « Le matin de la Résurrection », ainsi qu'une image sous la coupole de Dieu Sabaoth et le visage du Sauveur au-dessus du portail. Une échelle secrète a été aménagée dans l'église, menant à la crypte souterraine, décorée par Korine sur le thème « Le chemin des justes vers le Seigneur », où la supérieure a légué de se faire enterrer. Sur la façade de l'église de la Protection, une vue de Jérusalem avec la rotonde du Saint-Sépulcre et le dôme de l'église de Marie Madeleine a été représentée, en mémoire de la visite de la Terre Sainte. Douze cloches du clocher ont été accordées selon le « carillon de Rostov ». La petite église, prévue pour mille personnes, était également destinée à servir de salle de conférence. Dans les années 1920, la cathédrale de la Protection abritait une maison d'éducation sanitaire, puis des ateliers de restauration. Dans le bâtiment de l'hôpital avec l'église des saints Marfa et Maria se trouvait une ambulance nommée d'après le professeur F.A. Rein.

La renaissance du monastère a commencé en 1990 avec l'ouverture d'un monument à la grande-duchesse Élisabeth Fiodorovna, créé par V.M. Klykov dans la cour du monastère. Aujourd'hui, le monastère vit une nouvelle vie, continuant à suivre les objectifs établis encore à l'époque pré-révolutionnaire.