Владимир Маковский появился на свет 7 февраля 1846 года в Москве. Его мать, Любовь Молленгауэр, была певицей и преподавала в Московской консерватории, а отец, Егор Маковский, являлся членом Московского художественного общества и одним из основателей Московского училища живописи, ваяния и зодчества.

В семье было пятеро детей, и отец с раннего возраста обучал их рисованию. В доме Маковских часто бывали известные художники того времени, такие как Василий Тропинин, Сергей Зарянко и Карл Брюллов, которые занимались с детьми и разрешали им посещать свои мастерские. В семь лет Владимир написал свою первую картину, изобразив одного из гостей семьи. Под руководством отца он копировал гравюры.

С 1861 по 1866 год Владимир учился в Московском училище живописи, ваяния и зодчества у С. К. Зарянко и Е. С. Сорокина, представителей венециановской школы. Он окончил училище с серебряной медалью и званием классного художника III степени за работу «Литературное чтение».

В 1869 году Маковский получил звание классного художника первой степени и золотую медаль имени Виже-Лебрен за картину «Крестьянские мальчики стерегут лошадей». В этом же году, с рождением сына Александра, у него усилился интерес к детской тематике, что отразилось в таких работах, как «Крестьянские мальчики», «Пастушки», «Ночное» и «Возвращение с ночного». Картина «Игра в бабки» стала первой работой Маковского, приобретенной П. М. Третьяковым для своей галереи, что свидетельствовало о признании его таланта.

В 1873 году за картину «Любители соловьиного пения» Маковский получил звание академика живописи и денежную премию от Общества поощрения художеств. В этом же году его работы впервые были выставлены за границей.

В 1870 году Маковский стал одним из 15 художников, подписавших устав Товарищества передвижных художественных выставок, целью которого было облегчение сбыта произведений художников и развитие любви к искусству в обществе.

В 1872 году его приняли в члены Товарищества, а через год он вошел в его правление, участвуя почти во всех выставках передвижников. Маковский вспоминал: «Репин говорит, что нужно семь раз умереть, прежде чем написать картину. Это, конечно, так… А я семь раз умираю после того, как напишу картину… Ведь картина по России ездит, что Россия скажет, вот что главное: вот где суд!»

С 1882 по 1894 год Маковский преподавал в Московском училище живописи, ваяния и зодчества, параллельно создавая иконы для церкви и часовни в Борках. В 1892 году ему было присвоено звание профессора. До 1894 года он жил и работал в Москве, в доме Дворцового ведомства у Каменного моста, неподалеку от Храма Христа-Спасителя, для росписи которого он подготовил несколько эскизов.

С 1894 по 1918 год Маковский преподавал в Санкт-Петербурге в Императорской Академии художеств, где возглавлял жанровую мастерскую. В 1895 году он стал ректором академии.

Владимир Егорович Маковский скончался 21 февраля 1920 года и был похоронен в Петрограде на Смоленском православном кладбище.