Рюрик Петрович Лонин родился в деревне Каскесручей в семье вепсов. Его отец выбрал имя Рюрик, веря в вепсские корни князя Рюрика из Новгорода.

В конце 1930-х годов Рюрик начал учёбу в Каскесской школе. В 1941 году, когда ему было 11 лет, в его родные места вошла финская армия. Он продолжил обучение в финской школе, организованной оккупационными властями. Лонин вспоминал, что из его деревни лишь двое эвакуировались вглубь СССР перед приходом финнов: председатель колхоза и учительница Мария Ивановна Пепшина, которые состояли в ВКП(б). В 1944 году Пепшина вернулась, и Лонин продолжил учёбу у неё. Спустя полвека он описал это время в книге «Детство, опалённое войной».

В 1946 году он окончил школу и поступил в Петрозаводское ремесленное училище № 2, где обучался на слесаря-инструментальщика. После окончания в 1948 году его направили работать на Онежский машиностроительный завод в Петрозаводске. В это время он начал писать стихи на вепсском языке. В 1952 и 1955 годах служил в армии, затем работал на Петрозаводском авторемонтном заводе. В 1956 году познакомился с учёным Н. И. Богдановым, который исследовал вепсский и карельский языки.

В 1957 году Лонин вернулся в Шёлтозеро и работал слесарем в совхозе «Шёлтозерский». С 1956 по 1993 год, по совету Богданова, он собирал вепсский фольклор в Карелии, Ленинградской и Вологодской областях в свободное время. Собранные материалы он публиковал в республиканских сборниках по фольклору и истории. В 1967 году Лонин основал Вепсский этнографический музей, единственный в России, посвящённый вепсской культуре.

В 1977 и 1979 годах он руководил мемориальным Музеем шелтозерского партизанского подполья. В 1980 и 2001 годах работал научным сотрудником в созданном по его инициативе этнографическом музее.

С 1957 по 2001 год Лонин участвовал в вепсском народном хоре. С конца 1980-х годов он активно участвовал в возрождении вепсского языка и культуры. С 1987 по 1989 год преподавал вепсский язык в Шелтозерской средней школе.

В 1999 году режиссёр А. И. Сурикова сняла документальный фильм «Рюрик и его Шёлтозеро», который стал первым в цикле «Провинциальные музеи России» и был посвящён краеведческой деятельности Рюрика Лонина.