В начале XVIII века Петр Великий подарил своему другу и соратнику графу Григорию Строганову село Кузьминки. Строганов высоко оценил этот дар и построил там не только усадьбу для себя, но и отдельный дом для государя на случай его визита.

После смерти Строганова в 1715 году его вдова в память о муже возвела храм Влахернской иконы Божьей Матери (ул. Академика Скрябина, д. 1). При храме возник погост, который стал основой современного Кузьминского кладбища.

Храм был освящен в 1720 году. Местность, благодаря храму и иконе, изменила название с Кузьминок на Влахернское и оставалась таковой до революции, когда перешла в приданое к князьям Голицыным.

Храм сгорел в середине XVIII века, и в 1759-1762 годах на его месте по проекту архитектора Ивана Жеребцова был построен новый каменный храм. В 1794-1798 годах его перестроил архитектор Родион Казаков. Новый храм-часовня Ксении Петербургской был выполнен в стиле классицизма и украшен световым барабаном с главкой-бельведером и тосканскими портиками. Этот облик сохранился до наших дней, хотя храм неоднократно перестраивался после Казакова.

Изначально кладбище находилось в Кузьминском лесопарке. Фрагменты старых памятников можно увидеть в парке и сегодня. В 1960-е годы старое кладбище было перенесено, и большая часть захоронений была перемещена на территорию современного кладбища.

Новое кладбище было основано в 1956 году. Изначально оно служило для захоронения жителей близлежащих сел, но позже участки стали выделять и для жителей новых районов Москвы. Кладбище состоит из православной и мусульманской частей и быстро стало одним из крупнейших, занимая сейчас 60 гектаров.

В центре кладбища можно найти остатки старинного бетонного склепа. До закрытия кладбища в 1960-е годы рядом с входом в склеп лежал камень с надписью: «Голицын, умер в день своего рождения 186... года».

На Кузьминском кладбище похоронены отец, мать и брат Аллы Пугачевой; родители экс-мэра Москвы Юрия Лужкова; цыганский певец Шандор; поэт и композитор Игорь Сорин из группы «Иванушки»; барды и журналисты Игорь Михалев и Борис Вахнюк; летчик-испытатель Константин Коккинаки.

На кладбище покоятся 22 героя Советского Союза.

Слева от главного входа расположен монумент в форме подводной лодки. Это памятник морякам, погибшим 4 июля 1961 года при ликвидации аварии атомного реактора на подводной лодке К-19 во время учений в Северной Атлантике. Из-за течи в системе охлаждения реактор нагрелся до критических температур, угрожая взрывом. Члены экипажа, получив смертельную дозу облучения, предотвратили взрыв, собрав дублирующий трубопровод.