Au début du XVIIIe siècle, Pierre le Grand a offert à son ami et compagnon, le comte Grigori Stroganov, le village de Kouzminki. Stroganov a grandement apprécié ce don et y a construit non seulement une demeure pour lui-même, mais aussi une maison séparée pour le souverain en cas de visite.

Après la mort de Stroganov en 1715, sa veuve a érigé en mémoire de son mari l'église de l'icône de la Mère de Dieu de Vlakhern (rue Akadémika Skriabina, n° 1). Un cimetière a été établi près de l'église, qui est devenu la base du cimetière de Kouzminki moderne.

L'église a été consacrée en 1720. Grâce à l'église et à l'icône, la région a changé de nom, passant de Kouzminki à Vlakhern, et est restée ainsi jusqu'à la révolution, lorsqu'elle est devenue le douaire des princes Golitsyn.

L'église a brûlé au milieu du XVIIIe siècle, et entre 1759 et 1762, un nouveau temple en pierre a été construit à sa place selon le projet de l'architecte Ivan Jerebtsov. Entre 1794 et 1798, l'architecte Rodion Kazakov a réaménagé le bâtiment. Le nouveau temple-chapelle de Sainte Ksenia de Saint-Pétersbourg a été réalisé dans le style classique et décoré d'un tambour lumineux avec un belvédère et des portiques toscans. Cette apparence a été conservée jusqu'à nos jours, bien que l'église ait été plusieurs fois reconstruite après Kazakov.

À l'origine, le cimetière se trouvait dans le parc forestier de Kouzminki. Des fragments de vieilles tombes peuvent encore être vus dans le parc aujourd'hui. Dans les années 1960, l'ancien cimetière a été déplacé, et la plupart des sépultures ont été transférées sur le territoire du cimetière moderne.

Le nouveau cimetière a été fondé en 1956. À l'origine, il servait à l'inhumation des habitants des villages voisins, mais par la suite, des parcelles ont été attribuées aux habitants des nouveaux quartiers de Moscou. Le cimetière se compose de parties orthodoxes et musulmanes et est rapidement devenu l'un des plus grands, occupant maintenant 60 hectares.

Au centre du cimetière, on peut trouver les vestiges d'un ancien caveau en béton. Avant la fermeture du cimetière dans les années 1960, près de l'entrée du caveau se trouvait une pierre avec l'inscription : « Golitsyn, mort le jour de sa naissance en 186... ».

Au cimetière de Kouzminki reposent le père, la mère et le frère d'Alia Pugatcheva ; les parents de l'ancien maire de Moscou, Youri Loujkov ; le chanteur gitan Shandor ; le poète et compositeur Igor Sorine du groupe « Ivanouchki » ; les bardes et journalistes Igor Mikhaliev et Boris Vakhnuk ; le pilote d'essai Konstantin Kokkinaki.

Le cimetière abrite 22 héros de l'Union soviétique.

À gauche de l'entrée principale se trouve un monument en forme de sous-marin. C'est un mémorial aux marins décédés le 4 juillet 1961 lors de l'élimination d'un accident de réacteur nucléaire sur le sous-marin K-19 pendant des exercices en Atlantique Nord. En raison d'une fuite dans le système de refroidissement, le réacteur a atteint des températures critiques, menaçant d'explosion. Les membres de l'équipage, ayant reçu une dose mortelle de radiation, ont empêché l'explosion en assemblant un tuyau de secours.