История обители в Куженере начинается с открытия святого источника с холодной и прозрачной водой в Куженерской роще в конце XIX века. Местные жители использовали воду из источника для исцеления от различных недугов. В знак этого у источника установили столб с иконой великомученика Пантелеимона. Сельский священник отец Николай из Токтай-Беляка совершил сюда первый крестный ход и провел молебен, предсказывая строительство храма или монастыря. В сентябре 1884 года над источником возвели каменную часовню, где трижды в год проводились богослужения. Жители просили об учреждении женской общины во имя святителя Николая Чудотворца. Организацией монастыря занялись послушницы из Свияжского Иоанно-Предтеченского монастыря. Первой у часовни поселилась Екатерина Смоленцева, а весной 1897 года епископ Вятский Алексий благословил сестер. Власти удовлетворили просьбу о преобразовании часовни в церковь.

В сентябре 1897 года началась закладка алтаря и паперти при часовне. Монахиня Людмила из Вятского Преображенского монастыря организовала хор. Через год освятили храм Николая Чудотворца, и община начала свою деятельность. Местные крестьяне активно поддерживали общину. Летом 1900 года купец Федор Яковлевич Рощин стал помогать насельницам. В июне 1901 года матушка Людмила с сестрами прибыла в общину, и монастырь начал свою жизнь. 31 декабря 1901 года Святейший Синод официально учредил Куженерско-Николаевскую общину. Монахини и послушницы приобщали девушек-марийек к православной культуре. В деревянном здании разместились келии и мастерские. Слава о куженерской обители распространялась, и число паломников росло. Храм не вмещал всех, поэтому Ф.Я. Рощин пригласил архитектора Чарушина для проектирования нового храма. 16 августа 1904 года началась закладка Преображенского собора, который завершили в 1909 году. Храм не сохранился, но фотографии показывают его в старорусском стиле.

В мае 1910 года Синод преобразовал общину в женский монастырь, настоятельницей которого стала игуменья Людмила. В монастыре проживало 127 насельниц. Построили каменную трапезную, здание которой сохранилось. В 1907 году завершили строительство деревянной ограды. По благословению епископа Филарета при монастыре открыли приют для девочек под руководством монахини Евникии.

К 1914 году в монастыре насчитывалось около 200 насельниц. Обитель имела хорошее хозяйство: земельные участки, мастерские и скотный двор. Среди насельниц выделялась Александра Обухова, талантливая иконописец. Она была награждена за свои работы, но ее судьба сложилась тяжело. В 1930-е годы ее обвинили в контрреволюционной деятельности и сослали на 2,5 года. Александра скончалась в 1973 году и похоронена в селе Юледур.

Во время Первой мировой войны в монастыре служили молебны за победу русской армии, но жизнь становилась труднее. В 1916 году умер благотворитель Ф.Я. Рощин, похороненный у стен Преображенского храма. В 1918 году монастырь закрыли, игуменья Людмила уехала, а собор превратили в клуб. В 1956 году здание храма разобрали, и из кирпичей построили местный дом культуры. Некоторое время после закрытия монастыря службы проводились в Никольском храме у источника.

22 мая 1998 года в здании бывшей трапезной монастыря состоялась Божественная литургия, и святое место вновь обрело духовную жизнь.