Die Geschichte des Klosters in Kujenjer beginnt mit der Entdeckung einer heiligen Quelle mit kaltem und klarem Wasser im Kujenjer-Wald Ende des 19. Jahrhunderts. Die Einheimischen nutzten das Wasser aus der Quelle zur Heilung von verschiedenen Krankheiten. Als Zeichen dafür wurde an der Quelle ein Pfahl mit dem Ikone des heiligen Märtyrers Panteleimon aufgestellt. Der Dorfpastor Vater Nikolai aus Toktai-Belyak führte den ersten Kreuzgang hierher durch und hielt ein Gebet, wobei er den Bau einer Kirche oder eines Klosters vorhersagte. Im September 1884 wurde über der Quelle eine steinerne Kapelle errichtet, in der dreimal im Jahr Gottesdienste stattfanden. Die Bewohner baten um die Gründung einer Frauengemeinschaft im Namen des heiligen Nikolaus von Myra. Die Organisation des Klosters übernahmen die Nonnen aus dem Swijazhsk Ioanno-Predtechenski-Kloster. Die erste, die sich bei der Kapelle niederließ, war Jekaterina Smolentseva, und im Frühjahr 1897 segnete der Bischof von Wjatka Alexius die Schwestern. Die Behörden erfüllten die Bitte, die Kapelle in eine Kirche umzuwandeln.

Im September 1897 begann der Bau des Altars und der Vorhalle bei der Kapelle. Die Nonne Ludmila aus dem Wjatka Verklärungskloster organisierte einen Chor. Ein Jahr später wurde die Kirche des heiligen Nikolaus geweiht, und die Gemeinschaft begann ihre Tätigkeit. Die einheimischen Bauern unterstützten die Gemeinschaft aktiv. Im Sommer 1900 begann der Kaufmann Fedor Jakovlevich Roschin, den Bewohnerinnen zu helfen. Im Juni 1901 kam Mutter Ludmila mit den Schwestern in die Gemeinschaft, und das Kloster begann sein Leben. Am 31. Dezember 1901 gründete der Heilige Synod offiziell die Kujenersko-Nikolajewskaja-Gemeinschaft. Die Nonnen und Novizinnen führten die marischen Mädchen in die orthodoxe Kultur ein. In einem Holzgebäude wurden Zellen und Werkstätten untergebracht. Der Ruhm des Kujenjer-Klosters verbreitete sich, und die Zahl der Pilger wuchs. Die Kirche konnte nicht alle fassen, daher lud F.J. Roschin den Architekten Charushin ein, eine neue Kirche zu entwerfen. Am 16. August 1904 begann der Bau der Verklärungskathedrale, die 1909 fertiggestellt wurde. Die Kirche ist nicht erhalten geblieben, aber Fotos zeigen sie im alt-russischen Stil.

Im Mai 1910 verwandelte der Synod die Gemeinschaft in ein Frauenkloster, dessen Äbtissin Mutter Ludmila wurde. Im Kloster lebten 127 Bewohnerinnen. Es wurde eine steinerne Speisehalle gebaut, deren Gebäude erhalten geblieben ist. 1907 wurde der Bau einer hölzernen Umzäunung abgeschlossen. Auf die Segnung des Bischofs Philaret wurde im Kloster ein Mädchenheim unter der Leitung der Nonne Evnikiia eröffnet.

Bis 1914 zählte das Kloster etwa 200 Bewohnerinnen. Die Gemeinschaft hatte einen guten Haushalt: Grundstücke, Werkstätten und einen Viehhof. Unter den Bewohnerinnen stach Alexandra Obukhova hervor, eine talentierte Ikonenmalerin. Sie wurde für ihre Arbeiten ausgezeichnet, aber ihr Schicksal war schwer. In den 1930er Jahren wurde sie wegen konterrevolutionärer Aktivitäten angeklagt und für 2,5 Jahre verbannt. Alexandra starb 1973 und wurde im Dorf Yuledur beigesetzt.

Während des Ersten Weltkriegs fanden im Kloster Gebete für den Sieg der russischen Armee statt, aber das Leben wurde schwieriger. 1916 starb der Wohltäter F.J. Roschin, der an den Mauern der Verklärungskirche beigesetzt wurde. 1918 wurde das Kloster geschlossen, Äbtissin Ludmila verließ es, und die Kathedrale wurde in einen Klub umgewandelt. 1956 wurde das Kirchengebäude abgerissen, und aus den Ziegeln wurde ein örtliches Kulturhaus gebaut. Einige Zeit nach der Schließung des Klosters fanden Gottesdienste in der Nikolauskirche an der Quelle statt.

Am 22. Mai 1998 fand im Gebäude der ehemaligen Speisehalle des Klosters eine Göttliche Liturgie statt, und der heilige Ort erlangte erneut geistliches Leben.