La historia del monasterio en Kuzhener comienza con el descubrimiento de una fuente sagrada con agua fría y transparente en el bosque de Kuzhener a finales del siglo XIX. Los habitantes locales utilizaban el agua de la fuente para curarse de diversas enfermedades. En señal de esto, se instaló un poste con la imagen del gran mártir Panteleimon junto a la fuente. El sacerdote del pueblo, el padre Nikolai de Toktay-Belyak, realizó la primera procesión aquí y celebró un servicio, prediciendo la construcción de una iglesia o monasterio. En septiembre de 1884, se erigió una capilla de piedra sobre la fuente, donde se celebraban servicios tres veces al año. Los habitantes pidieron el establecimiento de una comunidad femenina en nombre del santo Nicolás el Milagroso. La organización del monasterio fue llevada a cabo por las novicias del monasterio de San Juan Bautista de Sviyazhsk. La primera en asentarse junto a la capilla fue Ekaterina Smolentseva, y en la primavera de 1897, el obispo de Vyatka, Alexiy, bendijo a las hermanas. Las autoridades accedieron a la solicitud de transformar la capilla en iglesia.

En septiembre de 1897, comenzó la construcción del altar y el pórtico junto a la capilla. La monja Lyudmila del monasterio de la Transfiguración de Vyatka organizó un coro. Un año después, se consagró la iglesia de Nicolás el Milagroso, y la comunidad comenzó su actividad. Los campesinos locales apoyaron activamente a la comunidad. En el verano de 1900, el comerciante Fyodor Yakovlevich Roshchin comenzó a ayudar a las residentes. En junio de 1901, la madre Lyudmila llegó con las hermanas a la comunidad, y el monasterio comenzó su vida. El 31 de diciembre de 1901, el Santo Sínodo estableció oficialmente la comunidad de Kuzhener-Nikolayevskaya. Las monjas y novicias introdujeron a las chicas mariyaks en la cultura ortodoxa. En el edificio de madera se ubicaron las celdas y talleres. La fama del monasterio de Kuzhener se extendía, y el número de peregrinos crecía. La iglesia no podía albergar a todos, por lo que F.Y. Roshchin invitó al arquitecto Charushin para diseñar una nueva iglesia. El 16 de agosto de 1904, comenzó la construcción de la catedral de la Transfiguración, que se completó en 1909. La iglesia no se ha conservado, pero las fotografías la muestran en estilo antiguo ruso.

En mayo de 1910, el Sínodo transformó la comunidad en un monasterio femenino, siendo la madre superiora la igumenia Lyudmila. En el monasterio vivían 127 residentes. Se construyó un refectorio de piedra, cuyo edificio se ha conservado. En 1907 se completó la construcción de una cerca de madera. Con la bendición del obispo Filaret, se abrió un refugio para niñas bajo la dirección de la monja Evnikiya.

Para 1914, el monasterio contaba con alrededor de 200 residentes. La comunidad tenía una buena economía: parcelas de tierra, talleres y un establo. Entre las residentes destacaba Alexandra Obukhova, una talentosa iconógrafa. Fue premiada por sus trabajos, pero su destino fue difícil. En la década de 1930, fue acusada de actividades contrarrevolucionarias y exiliada por 2,5 años. Alexandra falleció en 1973 y fue enterrada en el pueblo de Yuledur.

Durante la Primera Guerra Mundial, se celebraban servicios en el monasterio por la victoria del ejército ruso, pero la vida se volvía más difícil. En 1916, falleció el benefactor F.Y. Roshchin, enterrado junto a las paredes de la iglesia de la Transfiguración. En 1918, el monasterio fue cerrado, la igumenia Lyudmila se marchó, y la catedral se convirtió en un club. En 1956, el edificio de la iglesia fue desmantelado, y con los ladrillos se construyó la casa de cultura local. Durante un tiempo después del cierre del monasterio, se celebraban servicios en la iglesia de Nicolás junto a la fuente.

El 22 de mayo de 1998, se celebró la Divina Liturgia en el edificio del antiguo refectorio del monasterio, y el lugar sagrado recuperó nuevamente la vida espiritual.