L'histoire du monastère à Kujenere commence avec la découverte d'une source sainte avec de l'eau froide et transparente dans le bosquet de Kujenere à la fin du XIXe siècle. Les habitants utilisaient l'eau de la source pour guérir diverses maladies. En signe de cela, un poteau avec une icône du grand martyr Panteleïmon a été installé près de la source. Le prêtre du village, le père Nicolas de Toktai-Belyak, a effectué la première procession ici et a célébré un service, prédisant la construction d'une église ou d'un monastère. En septembre 1884, une chapelle en pierre a été érigée au-dessus de la source, où des services religieux étaient célébrés trois fois par an. Les habitants demandaient la création d'une communauté féminine au nom de saint Nicolas le Miracle-Faire. L'organisation du monastère a été prise en charge par des postulantes du monastère de Sviyazhsk de Jean-Baptiste. La première à s'installer près de la chapelle fut Ekaterina Smolentseva, et au printemps 1897, l'évêque de Viatka, Alexeï, a béni les sœurs. Les autorités ont satisfait la demande de transformation de la chapelle en église.

En septembre 1897, la construction de l'autel et du porche près de la chapelle a commencé. La moniale Lioudmila du monastère de Viatka a organisé une chorale. Un an plus tard, l'église de Nicolas le Miracle-Faire a été consacrée, et la communauté a commencé ses activités. Les paysans locaux soutenaient activement la communauté. En été 1900, le marchand Fiodor Iakovlevitch Roshchin a commencé à aider les résidentes. En juin 1901, Mère Lioudmila et les sœurs sont arrivées dans la communauté, et le monastère a commencé sa vie. Le 31 décembre 1901, le Saint-Synode a officiellement établi la communauté de Kujenersko-Nicolas. Les moniales et les postulantes initiaient les jeunes filles mariiennes à la culture orthodoxe. Dans un bâtiment en bois se trouvaient des cellules et des ateliers. La renommée du monastère de Kujenere se répandait, et le nombre de pèlerins augmentait. L'église ne pouvait pas accueillir tout le monde, c'est pourquoi F.I. Roshchin a invité l'architecte Charouchine pour concevoir une nouvelle église. Le 16 août 1904, la construction de la cathédrale de la Transfiguration a commencé, et elle a été achevée en 1909. L'église n'a pas survécu, mais des photographies la montrent dans le style ancien russe.

En mai 1910, le Synode a transformé la communauté en monastère féminin, dont la supérieure est devenue l'abbesse Lioudmila. Le monastère comptait 127 résidentes. Une réfectoire en pierre a été construite, dont le bâtiment est resté. En 1907, la construction d'une clôture en bois a été achevée. Avec la bénédiction de l'évêque Philaret, un orphelinat pour filles a été ouvert près du monastère sous la direction de la moniale Evnikia.

En 1914, le monastère comptait environ 200 résidentes. Le monastère avait une bonne exploitation : des parcelles de terre, des ateliers et une étable. Parmi les résidentes se distinguait Alexandra Obukhova, une iconographe talentueuse. Elle a été récompensée pour ses œuvres, mais son destin a été difficile. Dans les années 1930, elle a été accusée d'activités contre-révolutionnaires et exilée pendant 2,5 ans. Alexandra est décédée en 1973 et a été enterrée dans le village de Youledour.

Pendant la Première Guerre mondiale, des services étaient célébrés au monastère pour la victoire de l'armée russe, mais la vie devenait de plus en plus difficile. En 1916, le bienfaiteur F.I. Roshchin est décédé et a été enterré près des murs de l'église de la Transfiguration. En 1918, le monastère a été fermé, l'abbesse Lioudmila est partie, et la cathédrale a été transformée en club. En 1956, le bâtiment de l'église a été démoli, et des briques ont été utilisées pour construire la maison de la culture locale. Pendant un certain temps après la fermeture du monastère, des services étaient célébrés dans l'église de Nicolas près de la source.

Le 22 mai 1998, une Divine Liturgie a eu lieu dans le bâtiment de l'ancienne réfectoire du monastère, et le lieu saint a retrouvé une vie spirituelle.