Формирование фонда музея началось в 1966 году, когда члены Московского отделения Союза художников подарили первые картины колхозу "Кавказ". Важную роль в истории музея сыграл ветеран Великой Отечественной войны Иван Иванович Протасов. Он предложил расширить концепцию музея, добавив к выставкам изобразительного искусства исторический отдел. Протасов, став первым директором колхозного музея, активно занялся сбором материалов об истории станицы Курганной и колхоза.

Изначально подаренные картины и скульптуры разместили в холле второго этажа колхозного Дворца культуры. Художники постоянно пополняли фонд колхозной галереи, а краевой художественный музей им. Коваленко передал картины по закупке. Фонды музея истории колхоза "Кавказ" пополнялись за счет экспонатов, собранных среди местных жителей, что также вел Иван Иванович Протасов. Его усилиями была создана основа для раздела, посвященного бытовой культуре местного населения начала XX века. Жители станицы активно поддерживали инициативу Протасова, внося свой вклад в создание нового музейного раздела.

С открытием нового Дворца культуры в 1965 году Протасов предложил открыть музей в одном из его помещений. В те годы ветераны, партизаны и ветераны труда часто посещали Курганинск и оставляли на память будущим поколениям фотографии и личные вещи. В 1972 году Андрей Петрович Хомяков предложил построить отдельное здание для музея, и это предложение было единогласно поддержано. Здание музея было построено по проекту заслуженного архитектора РСФСР А.В. Титова и стало единственным в сельской местности Краснодарского края, специально возведенным для музея.

Двухэтажное здание со стеклянной крышей украсило центральную часть города Курганинска. На первом этаже разместился музей колхоза "Кавказ", рассказывающий об истории города и колхоза, а на втором этаже, картинная галерея, филиал краевого художественного музея им. Ф.А. Коваленко, с 1 октября 1975 года. Приказом Министерства культуры РСФСР от 23 декабря 1980 года музею было присвоено звание "Народный музей". В 1993 году он был преобразован в Курганинский исторический музей.

За годы существования фонды музея выросли до 23 тысяч экспонатов, включая обширный архив документов и фотографий, а также десятки коллекций. За 53 года музей посетили около 900 тысяч человек, и было проведено более тридцати тысяч экскурсий.