La formación del fondo del museo comenzó en 1966, cuando los miembros de la sección de Moscú de la Unión de Artistas regalaron las primeras pinturas a la cooperativa "Cáucaso". Un papel importante en la historia del museo lo desempeñó el veterano de la Gran Guerra Patria, Iván Ivánovich Protasov. Propuso ampliar la concepción del museo, añadiendo un departamento histórico a las exposiciones de arte visual. Protasov, al convertirse en el primer director del museo de la cooperativa, se dedicó activamente a la recopilación de materiales sobre la historia de la localidad de Kurganina y de la cooperativa.

Inicialmente, las pinturas y esculturas donadas se colocaron en el vestíbulo del segundo piso del Palacio de Cultura de la cooperativa. Los artistas constantemente enriquecían el fondo de la galería de la cooperativa, y el museo de arte regional nombrado en honor a Kovalénko entregó pinturas por compra. Los fondos del museo de historia de la cooperativa "Cáucaso" se completaron con exposiciones recopiladas entre los habitantes locales, lo que también fue llevado a cabo por Iván Ivánovich Protasov. Gracias a sus esfuerzos, se creó la base para una sección dedicada a la cultura cotidiana de la población local a principios del siglo XX. Los habitantes de la localidad apoyaron activamente la iniciativa de Protasov, contribuyendo a la creación de una nueva sección del museo.

Con la apertura de un nuevo Palacio de Cultura en 1965, Protasov propuso abrir un museo en uno de sus locales. En esos años, veteranos, partisanos y veteranos del trabajo visitaban frecuentemente Kurganinsk y dejaban como recuerdo para las futuras generaciones fotografías y objetos personales. En 1972, Andréi Petrovich Jomiakov propuso construir un edificio separado para el museo, y esta propuesta fue apoyada unánimemente. El edificio del museo fue construido según el proyecto del arquitecto honorario de la RSFSR A.V. Titov y se convirtió en el único en la zona rural del krai de Krasnodar, especialmente erigido para un museo.

El edificio de dos pisos con techo de cristal embelleció la parte central de la ciudad de Kurganinsk. En el primer piso se ubicó el museo de la cooperativa "Cáucaso", que cuenta la historia de la ciudad y de la cooperativa, y en el segundo piso, la galería de arte, filial del museo de arte regional nombrado en honor a F.A. Kovalénko, desde el 1 de octubre de 1975. Por orden del Ministerio de Cultura de la RSFSR del 23 de diciembre de 1980, al museo se le otorgó el título de "Museo Popular". En 1993, fue transformado en el Museo Histórico de Kurganinsk.

A lo largo de los años de existencia, los fondos del museo han crecido hasta 23 mil exposiciones, incluyendo un extenso archivo de documentos y fotografías, así como decenas de colecciones. En 53 años, el museo ha sido visitado por alrededor de 900 mil personas y se han realizado más de treinta mil excursiones.