В старину Крутицами называли все возвышенности на левом берегу Москвы-реки, начиная от реки Яузы. Тогда этот берег был крутым и обрывистым, что и дало название монастырю, основанному в XIII веке, Крутицкий.

Существует несколько легенд об основании монастыря, одна из которых связана с князем Даниилом Московским. На месте будущего монастыря когда-то находилось княжеское село Крутицы, где князь Даниил хотел построить свой двор. Однако отшельник, живший там, отговорил его, предсказав, что здесь появятся храм и монастырь. Предсказание сбылось, и в XIII веке князь основал храм, при котором около 1272 года был создан мужской монастырь. Монастырь быстро развивался, и вскоре Крутицкая епархия стала одной из крупнейших на Руси, включавшей около 15 монастырей, 907 храмов и около 650 тысяч прихожан.

Расцвет Крутицкого подворья связан с митрополитом Павлом II (1664, 1676), образованным человеком своего времени и покровителем наук и искусств. При нем появились Святые врата с надвратным теремком, из окон которого митрополиты благословляли верующих. Этот теремок стал местом съемок фильма «Гардемарины, вперед», где Софья была заточена в тереме своей тетки Пелагеи. Также при Павле II на подворье был создан «Крутицкий вертоград», один из первых декоративных садов Москвы с фонтанами.

С церковными реформами Екатерины II Крутицы пережили сложные времена. В 1785 году Крутицкая епархия была упразднена, а Успенский храм стал приходским. Подворье передали Военному ведомству, а церковное имущество и архивы отправили в кремлевский Чудов монастырь. В 1924 году службы в Успенском соборе прекратились, утварь была разграблена, а фрески и иконы замазаны. Вся территория подворья перешла под контроль военных.

В 1947 году началась новая жизнь подворья благодаря проекту реконструкции, порученному советскому архитектору Петру Дмитриевичу Барановскому. Реставрация длилась более 30 лет. Известно, что после смерти Сталина в 1953 году в Крутицких казематах содержался Берия. В 1966 году Крутицкие палаты стали музейным объектом, а с 1982 года, филиалом Исторического музея. В 1991 году часть подворья была передана церкви, и с этого времени Крутицы стали официальным подворьем Патриарха Московского и Всея Руси, где находится Отдел по делам молодежи Русской Православной Церкви.