Dans le passé, on appelait Kroutitsy toutes les hauteurs sur la rive gauche de la rivière Moskva, à partir de la rivière Yauza. À cette époque, cette rive était escarpée et abrupte, ce qui a donné son nom au monastère fondé au XIIIe siècle, le Kroutitski.

Il existe plusieurs légendes sur la fondation du monastère, l'une d'elles étant liée au prince Daniel de Moscou. À l'emplacement du futur monastère se trouvait autrefois le village princier de Kroutitsy, où le prince Daniel souhaitait construire son palais. Cependant, un ermite vivant là a réussi à le dissuader, prédisant qu'un temple et un monastère apparaîtraient ici. La prédiction s'est réalisée, et au XIIIe siècle, le prince a fondé un temple, autour de 1272, un monastère masculin a été créé. Le monastère s'est rapidement développé, et bientôt l'éparchie de Kroutitsy est devenue l'une des plus grandes de Russie, comprenant environ 15 monastères, 907 églises et environ 650 000 fidèles.

L'apogée du podvorie de Kroutitsy est liée à l'archevêque Paul II (1664, 1676), un homme instruit de son temps et protecteur des sciences et des arts. Sous sa direction, les Portes Saintes avec un petit bâtiment au-dessus de la porte ont été construites, d'où les métropolites bénissaient les croyants. Ce petit bâtiment est devenu le lieu de tournage du film « Gardemariens, en avant », où Sofia était enfermée dans le petit bâtiment de sa tante Pelagie. De plus, sous Paul II, le podvorie a vu la création du « Verger de Kroutitsy », l'un des premiers jardins décoratifs de Moscou avec des fontaines.

Avec les réformes ecclésiastiques de Catherine II, Kroutitsy a traversé des temps difficiles. En 1785, l'éparchie de Kroutitsy a été abolie, et l'église de l'Assomption est devenue paroissiale. Le podvorie a été transféré au ministère de la Défense, et les biens ecclésiastiques ainsi que les archives ont été envoyés au monastère de Chudov au Kremlin. En 1924, les services dans la cathédrale de l'Assomption ont cessé, le mobilier a été pillé, et les fresques et icônes ont été recouvertes. L'ensemble du territoire du podvorie est passé sous le contrôle des militaires.

En 1947, une nouvelle vie a commencé pour le podvorie grâce à un projet de reconstruction confié à l'architecte soviétique Piotr Dmitrievitch Baranovski. La restauration a duré plus de 30 ans. Il est connu qu'après la mort de Staline en 1953, Beria a été détenu dans les cachots de Kroutitsy. En 1966, les chambres de Kroutitsy sont devenues un objet de musée, et depuis 1982, une filiale du Musée historique. En 1991, une partie du podvorie a été transférée à l'église, et depuis lors, Kroutitsy est devenu le podvorie officiel du Patriarche de Moscou et de toute la Russie, où se trouve le Département des affaires de la jeunesse de l'Église orthodoxe russe.