In der alten Zeit nannte man die Erhebungen am linken Ufer der Moskwa, beginnend von der Jauza, Kruizkij. Damals war dieses Ufer steil und abfallend, was dem im XIII. Jahrhundert gegründeten Kloster den Namen Kruizkij gab.

Es gibt mehrere Legenden über die Gründung des Klosters, eine davon ist mit Fürst Daniel von Moskau verbunden. An dem Ort des zukünftigen Klosters befand sich einst das Fürstendorf Kruizkij, wo Fürst Daniel seinen Hof bauen wollte. Doch ein Einsiedler, der dort lebte, hielt ihn davon ab und prophezeite, dass hier ein Tempel und ein Kloster entstehen würden. Die Prophezeiung erfüllte sich, und im XIII. Jahrhundert gründete der Fürst einen Tempel, an den um 1272 ein Männerkloster angegliedert wurde. Das Kloster entwickelte sich schnell, und bald wurde die Kruizkij Diözese eine der größten in Russland, die etwa 15 Klöster, 907 Kirchen und etwa 650.000 Gläubige umfasste.

Die Blütezeit des Kruizkij Hofes ist mit Metropolit Paul II. (1664, 1676) verbunden, einem gebildeten Menschen seiner Zeit und Förderer von Wissenschaft und Kunst. Unter ihm entstanden die Heiligen Tore mit einem überdachten Turm, aus dessen Fenstern die Metropoliten die Gläubigen segneten. Dieser Turm wurde zum Drehort des Films „Gardemarinen, vorwärts“, in dem Sofia im Turm ihrer Tante Pelageja gefangen gehalten wurde. Auch unter Paul II. wurde auf dem Hof der „Kruizkij Obstgarten“ angelegt, einer der ersten dekorativen Gärten Moskaus mit Brunnen.

Mit den Kirchenreformen von Katharina II. erlebten die Kruizkij schwierige Zeiten. 1785 wurde die Kruizkij Diözese aufgelöst, und die Uspenski-Kirche wurde zur Pfarrkirche. Der Hof wurde dem Militärministerium übergeben, und kirchliches Eigentum sowie Archive wurden ins Kreml-Chudov-Kloster geschickt. 1924 wurden die Gottesdienste in der Uspenski-Kathedrale eingestellt, das Inventar wurde geplündert, und Fresken sowie Ikonen wurden übermalt. Das gesamte Gebiet des Hofes kam unter die Kontrolle des Militärs.

1947 begann ein neues Leben des Hofes dank eines Rekonstruktionsprojekts, das dem sowjetischen Architekten Peter Dmitrijewitsch Baranowski anvertraut wurde. Die Restaurierung dauerte über 30 Jahre. Es ist bekannt, dass nach Stalins Tod im Jahr 1953 Beria in den Kruizkij Kasematten festgehalten wurde. 1966 wurden die Kruizkij Kammern zu einem Museum, und seit 1982 sind sie ein Zweig des Historischen Museums. 1991 wurde ein Teil des Hofes der Kirche übergeben, und seitdem ist Kruizkij offiziell der Hof des Patriarchen von Moskau und ganz Russland, wo sich die Abteilung für Jugendangelegenheiten der Russisch-Orthodoxen Kirche befindet.