En la antigüedad, se llamaba Krutitsy a todas las elevaciones en la orilla izquierda del río Moscú, comenzando desde el río Yauza. En ese entonces, esta orilla era empinada y escarpada, lo que dio nombre al monasterio, fundado en el siglo XIII, Krutitsky.

Existen varias leyendas sobre la fundación del monasterio, una de las cuales está relacionada con el príncipe Daniel de Moscú. En el lugar del futuro monasterio, alguna vez existió la aldea principesca de Krutitsy, donde el príncipe Daniel quería construir su palacio. Sin embargo, un ermitaño que vivía allí lo disuadió, prediciendo que aquí aparecerían un templo y un monasterio. La predicción se cumplió, y en el siglo XIII el príncipe fundó un templo, junto al cual alrededor del año 1272 se creó un monasterio masculino. El monasterio se desarrolló rápidamente, y pronto la diócesis de Krutitsy se convirtió en una de las más grandes de Rusia, incluyendo alrededor de 15 monasterios, 907 templos y aproximadamente 650 mil feligreses.

El florecimiento del Patio de Krutitsy está asociado con el metropolitano Pablo II (1664, 1676), un hombre educado de su tiempo y protector de las ciencias y las artes. Durante su mandato aparecieron las Puertas Santas con un pequeño edificio sobre la puerta, desde cuyas ventanas los metropolitanos bendecían a los creyentes. Este pequeño edificio se convirtió en el lugar de filmación de la película "Guardamarinas, adelante", donde Sofía fue encarcelada en el pequeño edificio de su tía Pelagia. También durante Pablo II se creó en el patio el "Jardín de Krutitsy", uno de los primeros jardines decorativos de Moscú con fuentes.

Con las reformas eclesiásticas de Catalina II, Krutitsy vivió tiempos difíciles. En 1785, la diócesis de Krutitsy fue abolida, y el templo de la Asunción se convirtió en parroquial. El patio fue entregado al Ministerio de Defensa, y los bienes eclesiásticos y archivos fueron enviados al monasterio Chudov en el Kremlin. En 1924, los servicios en la catedral de la Asunción se detuvieron, los utensilios fueron saqueados, y los frescos y las íconos fueron cubiertos. Todo el territorio del patio pasó a estar bajo control militar.

En 1947, comenzó una nueva vida para el patio gracias a un proyecto de reconstrucción encargado al arquitecto soviético Petr Dmitrievich Baranovsky. La restauración duró más de 30 años. Se sabe que después de la muerte de Stalin en 1953, Beria fue encarcelado en las mazmorras de Krutitsy. En 1966, las cámaras de Krutitsy se convirtieron en un objeto museístico, y desde 1982, en una filial del Museo Histórico. En 1991, parte del patio fue entregada a la iglesia, y desde entonces Krutitsy se convirtió en el patio oficial del Patriarca de Moscú y de toda Rusia, donde se encuentra el Departamento de Asuntos Juveniles de la Iglesia Ortodoxa Rusa.