Крестовоздвиженская церковь стала центральным элементом усадебного ансамбля князей Салтыковых с начала XIX века. Храм строился семь лет и был освящен в 1813 году, став усыпальницей для князей Салтыковых. Под алтарем была создана крипта, где похоронены сам князь, его жена Наталья Владимировна, их сын князь Сергей Николаевич и внук князь Алексей Дмитриевич.

Название храма связано с желанием Н.И. Салтыкова почтить память своих предков, боярина Михайло Глебовича и его сыновей, которые в XVII веке основали в Смоленских землях православный монастырь. Один из братьев, Феодор Михайлович, принял монашеский постриг с именем Сергий.

По легенде, генерал-фельдмаршал Николай Иванович Салтыков, получив смертельное ранение в бою, дал обет построить храм в честь праздника Воздвижения Креста Господня.

Изначально церковь была летней, с тремя алтарями: главный предел возвышался на три ступени из-за устроенного под ним склепа, а по бокам располагались престолы в честь Святой Живоначальной Троицы и Сошествия Святого Духа. Богослужения проводились в теплое время года.

В 1889 году к летнему храму пристроили зимнюю церковь с печным отоплением, соединенную с летним храмом проходом, закрывающимся на зиму двойными стеклянными дверями. В зимней церкви были устроены два престола в честь Покрова Божией Матери и святителя Николая Чудотворца. Зимний храм, скромно украшенный, предназначен для тихой молитвы и богослужений в холодное время года, в дни Великого поста, а также для чтения псалтири и монашеских правил.

С 1887 года в доме князя Салтыкова работала церковноприходская школа, а в начале XIX века при церкви была построена богадельня. Также церкви принадлежала деревянная часовня на кладбище.

В 1915 году в Снегиреве начали строительство каменной колокольни, но оно было прервано из-за войны.

В советские годы храм не закрывался и не ремонтировался. В начале 1990-х годов прихожане провели капитальный ремонт.

С 1993 года храм стал подворьем Свято-Успенского женского монастыря. В 2003 году на территории подворья была построена Мироносицкая деревянная часовня.