История музея начинается в 1921 году, когда на базе коллекции художественных произведений, хранившихся с конца XIX века в Городском музее (ныне Красноярский краеведческий музей), был создан отдел искусства и художественной старины имени В. И. Сурикова.

Многие экспонаты поступили из частных коллекций. Среди дарителей музея были представители известных красноярских семей: Матвеевы, Суриковы, Юдины, Гадаловы. Значительную часть художественной коллекции краеведческого музея составили произведения, собранные красноярским золотопромышленником и любителем искусства П. И. Кузнецовым, который оказывал материальную поддержку В. И. Сурикову в годы его учёбы в Академии художеств.

В 1958 году на базе Красноярского краеведческого музея в отдельном здании была открыта Красноярская художественная картинная галерея. Она располагалась на первом этаже жилого дома № 68 по проспекту Красноярский рабочий. С 1983 года галерея получила статус музея.

Сегодня музей занимает три помещения в разных частях города. Экспозиция русского искусства XVIII и начала XX веков размещена в бывшем особняке В. Н. Гадаловой. Это здание, построенное в 1909 году на участке, принадлежавшем крупному красноярскому купцу и меценату Петру Ивановичу Гадалову, было спроектировано архитектором В. А. Соколовским с участием скульптора А. Попова. Особняк предназначался для жены П. И. Гадалова и использовался для торжественных приёмов.

Здание музея является памятником архитектуры Красноярска и выполнено в стиле модерн. В этом особняке В. Н. Гадалова принимала многих гостей, включая всемирно известного путешественника норвежца Фритьофа Нансена, который посетил это место с 12 по 16 сентября 1913 года, о чём свидетельствует памятная доска на здании.