Храм имеет традиционную для христианских зданий крестообразную форму. Над его покатой крышей возвышается полукруглый купол, а притвор украшает двухъярусная колокольня с золотым шатром. Стены церкви Рождества Богородицы окрашены в голубой и белый цвета, которые гармонично сочетаются с синим оттенком Азовского моря.

История храма неразрывно связана с именем старца Созонтия Ивановича. Этот бывший купец и офицер, участвовавший в Крымской войне, позже стал старцем и обладал даром предвидения. В то время, когда город еще активно застраивался, на его свалках скопились горы строительного мусора. Однажды Созонтий пришел на собрание городских депутатов и попросил выделить ему участок заброшенной земли для создания мужского монастыря. Изначально его идея вызвала недоверие, но землю все же выделили. Созонтий вырыл себе келью, стал жить отшельником и собирать средства на строительство храма. Вскоре его поддержали православные жители города, и 21 сентября 1904 года, в день Рождества Богородицы, был заложен первый камень в фундамент будущей церкви.

Строительство завершилось в 1907 году, а через год Созонтий Иванович скончался и был похоронен в склепе храма.

Геническ был известен своими мастерами колокольного звона, которые в православные праздники поднимались на колокольню, и над городом разливался магический перезвон, отражавшийся в морских водах. В строительстве монастыря участвовали практически все жители Геническа и окрестных сел, жертвуя деньги и привозя муку, овощи и зерно. В степном безводном городе, который только начинал застраиваться, храм Рождества Богородицы стал настоящим оазисом. У подножия холма находились бассейн, цветочные клумбы, огороды и конюшня, а на вершине располагались храм и трапезная. От церкви вела аллея, по обеим сторонам которой благоухали розы, а во дворе гуляли павлины с птенцами. В маленькой часовне у входа, украшенной иконами, горела лампада, и дежурный монах читал Псалтырь. С другой стороны от входа в земле были вырыты кельи.

Во время революции и гонений на священников монахи принимали беженцев и предоставляли им убежище. Позже, при советской власти, помещения монастыря использовались как зернохранилище, а могила Созонтия была разорена. В 1941 году богослужения в храме возобновились, и службу вел отец Константин. Он однажды рассказал горожанам о преступлениях коммунистов и Винницкой трагедии, свидетелем которой был: он видел раскопки массовых захоронений, где некоторых людей закопали заживо. Когда в 1944 году Геническ был освобожден советскими войсками, отец Константин был арестован по доносу, умер в тюрьме и позже был реабилитирован посмертно. Вскоре после его ареста храм снова закрыли. В советские времена помещения церкви использовались как склады, а затем там устроили спортивный зал для милиции.

Лишь в 1989 году храм Рождества Богородицы был возвращен верующим. Благодаря их пожертвованиям начались реставрационные работы. Через год купол храма был восстановлен в его первоначальном виде.