Исследователи, обращаясь к истории Урала и особенно Прикамья XVI-XX веков, часто сталкиваются с необходимостью изучения истории известного русского рода предпринимателей и меценатов Строгановых. 9 апреля 1529 года Строгановы получили грамоту на соляные промыслы в Сольвычегодске. Во второй половине XVI века они расширили свои владения в Перми Великой. Первая жалованная грамота на великопермские земли была выдана Иваном Грозным Григорию Строганову, что положило начало владениям Строгановых в этом регионе. Переписи Перми Великой XVI-XVII веков упоминают деревянную церковь во имя Святителя и Чудотворца Николая в Соликамском уезде, погосте Кудымкор. Считается, что церковь была построена по инициативе и при поддержке Григория Строганова. Кривощёков И.Я. отмечает, что между 1579 и 1623 годами в Кудымкоре была построена деревянная церковь. В XVII веке церковь обладала значительными богатствами, включая иконы и церковные книги.

Древность прихода подтверждается наличием в церкви колокола с латинской надписью «Gloria Soli Deo» и датой «1646 год», а также требника Петра Могилы 1647 года. Малахов М.В. также упоминает об этом.

В 1749 году, после раздела между братьями Строгановыми, Кудымкор с окрестностями достался Александру Сергеевичу Строганову. Он владел Кудымкаром с 1756 по 1811 год и построил новый каменный Свято-Никольский храм на месте старой деревянной церкви.

Существуют разногласия относительно дат строительства храма. Конин Г.К. указывает на 1792-1795 годы, а Кривощёков И.Я. считает, что здание завершено в 1796 году. Храм состоял из алтарной, летней и зимней частей, а колокольня возвышалась над остальными постройками. Архитектура храма сочетала барочные элементы и геометрические орнаменты. В церкви было три престола: холодный храм во имя сорока мучеников, тёплый храм во имя святителя Николая и храм во имя святой Параскевы.

Кто был архитектором Свято-Никольской церкви, до сих пор неизвестно. Существует версия, что проект мог быть разработан Андреем Никифоровичем Воронихиным, но документальных подтверждений этому нет. Проблема требует дальнейшего изучения.

В XIX и начале XX веков церковь активно занималась просветительской и благотворительной деятельностью. К началу 1870-х годов церковь владела значительными земельными участками. В 1875 году было решено, что луговая земля будет использоваться духовенством, а полевой землёй - крестьянами за арендную плату.

В 1891 году настоятелем церкви стал Яков Васильевич Шестаков, который активно занимался просветительской деятельностью. В 1892 году под его руководством была построена школа при Мелюхинской церкви. За свою деятельность Шестаков получил благодарность от Пермской духовной консистории.

В 1917 году начался сложный период для церкви. Большевики провозгласили отделение церкви от государства, но фактически контролировали её деятельность. Церковь лишилась собственности, а в 1930 году её деятельность была полностью запрещена. Здание церкви передали под музей.

В годы перестройки верующие начали добиваться возвращения зданий церкви. В 1990 году здание было передано общине Русской православной церкви в Кудымкаре. С этого времени началась история возрождения церкви. В настоящее время церковь действует согласно Уставу, принятому в 1999 году и утверждённому Архиепископом Пермским и Соликамским Афанасием.