Церковь во имя Иоанна Предтечи находится в северо-восточной части исторического центра города. Она была построена на средства купчихи Александры Ивановны Шкроевой, которые ей завещал её муж, купец первой гильдии Иван Васильевич Шкроев. С 1879 года он занимал должность Каинского городского головы и был известен своей благотворительностью. По его завещанию 60 тысяч рублей было выделено на строительство Иоанно-Предтеченской церкви и 29 тысяч рублей на её содержание. Александра Ивановна также активно занималась благотворительностью и пользовалась уважением среди горожан. Она была почетной блюстительницей Каинского Второго приходского училища, построила и содержала на свои средства две богадельни и церковно-приходскую школу.

После завершения строительства церковь была осмотрена губернским архитектором Кондаковым и младшим инженером Андреем Дмитриевичем Крячковым, который впоследствии стал известным сибирским архитектором. Осмотр проходил в присутствии настоятеля Спасского собора протоиерея Николая Вавилова. 18 ноября 1904 года епископ Томский Макарий Невский освятил храм во имя святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна. В народе церковь стали называть «Шкроевской» в честь её устроительницы.

Приход церкви ограничивался городом Каинском, и к 1911 году в нём числился 551 человек. В храме служили один священник и один псаломщик.

Здание церкви завершает перспективу улиц Пугачева и Свердлова, нарушая четкость красных линий улиц. Силуэт церкви утратил доминирующее положение в застройке из-за окружающих многоэтажных зданий.

Церковь представляет собой пример бесстолпного храма с трехчастной продольно-осевой композицией, характерной для русской архитектуры конца XVIII, начала XIX века. Вдоль оси восток-запад последовательно расположены четверик храма с семигранной апсидой, трапезная и ярусная колокольня над притвором с двумя приделами. Колокольня выполнена в виде восьмерика на четверике с шатровым завершением. На церкви семь глав: одна на конхе над алтарём, одна на колокольне и пять на основном храме. Стены сложены из кирпича «под расшивку», а основные помещения перекрыты сводами. Крыши имеют сложное очертание, главы луковичной формы, кровли металлические с диагональным рисунком, водосток наружный организованный.

Архитектурный облик здания изменился: были утрачены два яруса колокольни, шатровое завершение, семь луковичных глав, покрытия полов, дверные проемы, железные кресты, внутреннее убранство, иконостас и центральная люстра. Частично заменены оконные проемы, изменена конструкция и конфигурация солеи. Южный фасад закрыт поздней кирпичной пристройкой. Пропорции и детали колокольни, а также оформление кирпичного барабана центральной главки, восстановленные в 1995-1998 годах, выполнены с отступлением от архивных документов. В 2003-2005 годах проведены работы по реставрации и восстановлению глав. В 2008 году демонтирована поздняя пристройка на южном фасаде, а в 2010 году проведены реставрационные работы на фасадах.