L'église au nom de Saint Jean Baptiste se trouve dans la partie nord-est du centre historique de la ville. Elle a été construite grâce aux fonds de la marchande Alexandra Ivanovna Shkroyeva, que son mari, le marchand de première guilde Ivan Vassilievitch Shkroyev, lui avait légués. Depuis 1879, il occupait le poste de maire de la ville de Kaïnsk et était connu pour sa philanthropie. Selon son testament, 60 000 roubles ont été alloués à la construction de l'église de Saint Jean Baptiste et 29 000 roubles à son entretien. Alexandra Ivanovna s'est également engagée activement dans des œuvres de charité et était respectée par les habitants. Elle était la protectrice honoraire de l'école paroissiale de Kaïnsk, a construit et entretenu à ses frais deux hospices et une école paroissiale.

Après l'achèvement de la construction, l'église a été inspectée par l'architecte provincial Kondakov et l'ingénieur junior Andreï Dmitrievitch Kriatchkov, qui est devenu par la suite un architecte sibérien renommé. L'inspection s'est déroulée en présence du recteur de la cathédrale de Spassk, le prêtre Nikolai Vavilov. Le 18 novembre 1904, l'évêque de Tomsk, Makari Nevski, a consacré le temple au nom du saint prophète et précurseur du Seigneur Jean. Dans le peuple, l'église a été surnommée « Shkroyevskaya » en l'honneur de sa fondatrice.

La paroisse de l'église était limitée à la ville de Kaïnsk, et en 1911, elle comptait 551 personnes. Un prêtre et un psalmiste officiaient dans le temple.

Le bâtiment de l'église termine la perspective des rues Pugacheva et Sverdlova, perturbant la clarté des lignes rouges des rues. Le silhouette de l'église a perdu sa position dominante dans le paysage urbain en raison des bâtiments environnants de plusieurs étages.

L'église est un exemple de temple sans pilier avec une composition longitudinale en trois parties, caractéristique de l'architecture russe de la fin du XVIIIe et du début du XIXe siècle. Le long de l'axe est-ouest se trouvent successivement le carré du temple avec une abside à sept côtés, la salle à manger et le clocher à étages au-dessus du vestibule avec deux chapelles. Le clocher est réalisé sous la forme d'un octogone sur un carré avec une toiture en forme de tente. L'église a sept coupoles : une sur la conque au-dessus de l'autel, une sur le clocher et cinq sur le temple principal. Les murs sont construits en briques « sous joint », et les principales pièces sont couvertes de voûtes. Les toits ont une silhouette complexe, les coupoles sont en forme d'oignon, les toitures sont métalliques avec un motif diagonal, et le drainage extérieur est organisé.

L'apparence architecturale du bâtiment a changé : deux étages du clocher, la toiture en tente, sept coupoles en forme d'oignon, les revêtements de sol, les ouvertures de porte, les croix en fer, la décoration intérieure, le retable et le lustre central ont été perdus. Les ouvertures de fenêtres ont été partiellement remplacées, la structure et la configuration de la solennité ont été modifiées. La façade sud est fermée par une annexe en briques tardive. Les proportions et les détails du clocher, ainsi que la décoration du tambour en briques de la coupole centrale, restaurés entre 1995 et 1998, ont été réalisés en dérogeant aux documents d'archives. Entre 2003 et 2005, des travaux de restauration et de réhabilitation des coupoles ont été effectués. En 2008, l'annexe tardive sur la façade sud a été démolie, et en 2010, des travaux de restauration ont été réalisés sur les façades.