В XV веке в районе современного Бахчисарая, в Салачике, рядом с крепостью беев Яшлавских в Кирк-Ере, был возведен ханский дворец первых правителей Крымского ханства. Именно здесь берет начало история Бахчисарая.

К 1578 году, как отмечает Мартин Броневский, в конце Бахчисарая уже существовал другой город, Салачик, с красивыми домами, ханским дворцом, мечетями, гробницами и банями. Из всего этого до наших дней сохранились только два памятника: медресе и дюрбе, мавзолей, возведенные при хане Менгли Герае. Название медресе Зынджирлы происходит от тюркского слова «зынджир», что означает «цепь», поскольку под притолокой главного входа подвешена железная цепь, заставляющая каждого входящего склонить голову перед святыней мусульманской науки.

Над входом в медресе установлена плита с надписью, указывающей на дату его строительства: «Это училище при помощи всеблагого Бога приказал построить Менгли Герай хан, сын Хаджи Герая хана. Да продлит Бог царствие его до скончания века. 1500 год». Основатель династии Гераев, Хаджи Герай, сначала обосновался в городе Крым, ныне Старый Крым, затем перенес свою резиденцию в Кирк-Ер. Эвлия Челеби описывал это место как состоящее из пяти кварталов и пяти святынь. Ранее здесь было больше мечетей, бань и медресе, но до наших дней сохранились лишь медресе Менгли Герая и хамам. В 2003 году были обнаружены фундаменты хамама, а в 2007 году начались раскопки, которые позволили выявить слои кюльхана. В 2008 году начались более масштабные археологические работы в охранной зоне медресе.

Здание Зынджирлы медресе имеет почти квадратную форму с внутренним двориком, окруженным галереей, разделенной на десять частей стрельчатыми арками, каждая из которых перекрыта небольшим куполом. Внешняя сторона галереи окружена 14 комнатами для занятий. Исследования, проведенные в 1961 году, не позволили точно определить строительную периодизацию медресе.

С ноября 2006 года по январь 2010 года Бахчисарайская археологическая экспедиция проводила полномасштабные исследования, чтобы подготовить памятники к реставрации. Внутри медресе исследовались культурные слои XIII и XIV веков, а также конструкции полов XVI века. Были обнаружены останки периода Золотой Орды, которые перезахоронили на кладбище возле мечети. В охранной зоне медресе были открыты фундаменты стен для гидроизоляции, а перед южным фасадом здания понизили грунт, чтобы выявить возможный портал.

На основании стратиграфии было определено, что хозяйственное строение в охранной зоне относится к середине XX века и было снесено для дальнейших работ. В ходе исследований была обнаружена мечеть перед южным фасадом медресе. Были заложены шурфы для восстановления куполов здания. Археологические находки включают керамику, монету Мехмеда II 1475 года, архитектурные остатки и другие артефакты, свидетельствующие о культурных слоях XIV и XVIII веков.

В медресе проводились исследования во всех комнатах, окружающих дворик. Общая площадь исследований составила 525 кв. м на глубину от 0,5 до 3 м. Обнаружена система водоснабжения фонтана XVI века. Были раскопаны фундаменты шести колон, на которые опираются купола медресе.

Во время раскопок найдено множество археологических материалов XV и XVIII веков: фрагменты архитектурных деталей, надмогильные плиты, строительная керамика, плинфа, черепица, штукатурка, водопроводные трубы, красноглиняная керамика с зеленой поливой, керамические подсвечники, чернильницы, расписные кувшины и блюда, курительные трубки, стеклянные браслеты, импортная керамика и металлические изделия. Эти находки свидетельствуют о развитии местного производства поливной керамики, которая, хотя и связана с изделиями из Персии, Закавказья и Турции, имеет свои уникальные черты.

Раскопки последних лет показывают, что часть поливной керамики производилась местными мастерами из местного сырья и могла сбываться на месте.