Im 15. Jahrhundert wurde im Gebiet des heutigen Bachtscharai, in Salatschik, neben der Festung der Jashlaw-Bei in Kirk-Jer, der Khan-Palast der ersten Herrscher des Krimkhanats errichtet. Hier beginnt die Geschichte von Bachtscharai.

Bis 1578, wie Martin Broniewski feststellt, existierte am Ende von Bachtscharai bereits eine andere Stadt, Salatschik, mit schönen Häusern, dem Khan-Palast, Moscheen, Gräbern und Bädern. Von all dem sind bis heute nur zwei Denkmäler erhalten geblieben: das Medrese und das Dürbe, das Mausoleum, das unter Khan Mengli Geraï errichtet wurde. Der Name des Medrese Zyndzhirly stammt vom türkischen Wort „zyndzhir“, was „Kette“ bedeutet, da unter dem Türsturz des Haupteingangs eine Eisenkette hängt, die jeden, der eintritt, zwingt, den Kopf vor der Heiligkeit der muslimischen Wissenschaft zu senken.

Über dem Eingang des Medrese befindet sich eine Tafel mit einer Inschrift, die auf das Baujahr hinweist: „Diese Schule ließ mit Hilfe des allgütigen Gottes Mengli Geraï Khan, Sohn von Hadji Geraï Khan, erbauen. Möge Gott sein Reich bis zum Ende der Welt verlängern. Jahr 1500.“ Der Gründer der Geraï-Dynastie, Hadji Geraï, ließ sich zunächst in der Stadt Krim, dem heutigen Alten Krim, nieder und verlegte dann seinen Wohnsitz nach Kirk-Jer. Evliya Çelebi beschrieb diesen Ort als bestehend aus fünf Vierteln und fünf Heiligkeiten. Früher gab es hier mehr Moscheen, Bäder und Medresen, aber bis heute sind nur das Medrese von Mengli Geraï und das Hamam erhalten geblieben. Im Jahr 2003 wurden die Fundamente des Hamams entdeckt, und 2007 begannen Ausgrabungen, die es ermöglichten, die Schichten des Külkhans zu identifizieren. Im Jahr 2008 begannen umfangreichere archäologische Arbeiten im Schutzgebiet des Medrese.

Das Gebäude des Zyndzhirly Medrese hat eine fast quadratische Form mit einem Innenhof, der von einer Galerie umgeben ist, die in zehn Teile durch Spitzbögen unterteilt ist, von denen jeder mit einer kleinen Kuppel überdacht ist. Die Außenseite der Galerie ist von 14 Räumen für den Unterricht umgeben. Forschungen aus dem Jahr 1961 konnten die Bauperiodisierung des Medrese nicht genau bestimmen.

Von November 2006 bis Januar 2010 führte die Bachtscharai-Archäologische Expedition umfassende Forschungen durch, um die Denkmäler auf die Restaurierung vorzubereiten. Im Inneren des Medrese wurden kulturelle Schichten des 13. und 14. Jahrhunderts sowie Fußbodenstrukturen des 16. Jahrhunderts untersucht. Überreste aus der Zeit der Goldenen Horde wurden entdeckt und auf dem Friedhof neben der Moschee umgebettet. Im Schutzgebiet des Medrese wurden Fundamente von Wänden zur Abdichtung geöffnet, und vor der Südseite des Gebäudes wurde der Boden abgesenkt, um einen möglichen Portal zu identifizieren.

Basierend auf der Stratigraphie wurde festgestellt, dass das Wirtschaftsgebäude im Schutzgebiet aus der Mitte des 20. Jahrhunderts stammt und für weitere Arbeiten abgerissen wurde. Während der Forschungen wurde eine Moschee vor der Südseite des Medrese entdeckt. Es wurden Schurfungen angelegt, um die Kuppeln des Gebäudes wiederherzustellen. Archäologische Funde umfassen Keramiken, eine Münze von Mehmed II aus dem Jahr 1475, architektonische Überreste und andere Artefakte, die auf kulturelle Schichten des 14. und 18. Jahrhunderts hinweisen.

Im Medrese wurden Forschungen in allen Räumen rund um den Innenhof durchgeführt. Die Gesamtfläche der Untersuchungen betrug 525 qm in einer Tiefe von 0,5 bis 3 m. Ein Wasserversorgungssystem des Brunnens aus dem 16. Jahrhundert wurde entdeckt. Die Fundamente von sechs Säulen, auf denen die Kuppeln des Medrese ruhen, wurden freigelegt.

Während der Ausgrabungen wurden zahlreiche archäologische Materialien aus dem 15. und 18. Jahrhundert gefunden: Fragmente architektonischer Details, Grabsteine, Baumkeramiken, Plinfa, Ziegel, Putz, Wasserrohre, rottonige Keramiken mit grüner Glasur, keramische Kerzenhalter, Tintenfässer, bemalte Krüge und Teller, Pfeifen, Glasarmbänder, importierte Keramiken und Metallwaren. Diese Funde zeugen von der Entwicklung der lokalen Produktion von glasierter Keramik, die, obwohl sie mit Produkten aus Persien, dem Kaukasus und der Türkei verbunden ist, ihre eigenen einzigartigen Merkmale aufweist.

Die Ausgrabungen der letzten Jahre zeigen, dass ein Teil der glasierten Keramik von lokalen Handwerkern aus einheimischen Rohstoffen hergestellt wurde und vor Ort verkauft werden konnte.