Au XVe siècle, dans la région de l'actuelle Bakhchisarai, à Salachik, près de la forteresse des khans Yashlavski à Kirk-Yer, le palais du khan des premiers dirigeants du khanat de Crimée a été construit. C'est ici que commence l'histoire de Bakhchisarai.

En 1578, comme le note Martin Bronevski, à la fin de Bakhchisarai, une autre ville, Salachik, existait déjà, avec de belles maisons, un palais de khan, des mosquées, des tombes et des bains. De tout cela, seuls deux monuments ont survécu jusqu'à nos jours : le médrese et le dyurbe, mausolée érigé sous le khan Mengli Geraï. Le nom du médrese Zyndzhirly vient du mot turc « zyndzhir », qui signifie « chaîne », car une chaîne en fer est suspendue sous le linteau de l'entrée principale, obligeant chaque entrant à incliner la tête devant la sainteté de la science musulmane.

Au-dessus de l'entrée du médrese, une plaque avec une inscription indique la date de sa construction : « Cette école, avec l'aide de Dieu tout-puissant, a été ordonnée de construire par le khan Mengli Geraï, fils du khan Hadji Geraï. Que Dieu prolonge son règne jusqu'à la fin des temps. Année 1500 ». Le fondateur de la dynastie des Geraï, Hadji Geraï, s'est d'abord établi dans la ville de Crimée, aujourd'hui Vieille Crimée, puis a transféré sa résidence à Kirk-Yer. Evliya Çelebi décrivait cet endroit comme composé de cinq quartiers et cinq sanctuaires. Auparavant, il y avait plus de mosquées, de bains et de médreses, mais jusqu'à nos jours, seuls le médrese de Mengli Geraï et le hammam ont survécu. En 2003, les fondations du hammam ont été découvertes, et en 2007, des fouilles ont commencé, permettant de révéler des couches de kylkhan. En 2008, des travaux archéologiques plus vastes ont commencé dans la zone de protection du médrese.

Le bâtiment du médrese Zyndzhirly a une forme presque carrée avec une cour intérieure entourée d'une galerie, divisée en dix parties par des arcs en ogive, chacun surmonté d'un petit dôme. Le côté extérieur de la galerie est entouré de 14 salles de classe. Les recherches menées en 1961 n'ont pas permis de déterminer avec précision la périodisation de la construction du médrese.

De novembre 2006 à janvier 2010, l'expédition archéologique de Bakhchisarai a mené des recherches à grande échelle pour préparer les monuments à la restauration. À l'intérieur du médrese, des couches culturelles des XIIIe et XIVe siècles ont été étudiées, ainsi que des structures de sol du XVIe siècle. Des restes de la période de la Horde d'Or ont été découverts et réinhumés dans le cimetière près de la mosquée. Dans la zone de protection du médrese, des fondations de murs pour l'imperméabilisation ont été ouvertes, et devant la façade sud du bâtiment, le sol a été abaissé pour révéler un éventuel portail.

Sur la base de la stratigraphie, il a été déterminé qu'un bâtiment de service dans la zone de protection date du milieu du XXe siècle et a été démoli pour des travaux ultérieurs. Au cours des recherches, une mosquée a été découverte devant la façade sud du médrese. Des fouilles ont été réalisées pour restaurer les dômes du bâtiment. Les découvertes archéologiques comprennent de la céramique, une pièce de monnaie de Mehmed II de 1475, des restes architecturaux et d'autres artefacts témoignant des couches culturelles des XIVe et XVIIIe siècles.

Des recherches ont été menées dans toutes les salles entourant la cour. La superficie totale des recherches était de 525 m² à une profondeur de 0,5 à 3 m. Un système d'approvisionnement en eau d'une fontaine du XVIe siècle a été découvert. Les fondations de six colonnes, sur lesquelles reposent les dômes du médrese, ont été fouillées.

Au cours des fouilles, de nombreux matériaux archéologiques des XVe et XVIIIe siècles ont été trouvés : des fragments de détails architecturaux, des pierres tombales, de la céramique de construction, des tuiles, du plâtre, des tuyaux d'eau, de la céramique en argile rouge avec un émail vert, des chandeliers en céramique, des encriers, des jarres peintes et des plats, des pipes à fumer, des bracelets en verre, de la céramique importée et des objets métalliques. Ces découvertes témoignent du développement de la production locale de céramique émaillée, qui, bien qu'elle soit liée à des produits de Perse, du Caucase et de Turquie, possède ses propres caractéristiques uniques.

Les fouilles des dernières années montrent qu'une partie de la céramique émaillée était produite par des artisans locaux à partir de matières premières locales et pouvait être vendue sur place.