En el siglo XV, en la zona de la actual Bahchisaray, en Salachik, cerca de la fortaleza de los bey de Yashlav en Kirk-Yer, se construyó el palacio del kan de los primeros gobernantes del Kanato de Crimea. Aquí comienza la historia de Bahchisaray.

Para 1578, como señala Martin Bronevski, al final de Bahchisaray ya existía otra ciudad, Salachik, con hermosas casas, un palacio de kan, mezquitas, tumbas y baños. De todo esto, hasta nuestros días han sobrevivido solo dos monumentos: el medrese y el dürbe, mausoleo, construidos durante el kan Mengli Gera. El nombre del medrese Zyndzhirly proviene de la palabra turca "zyndzhir", que significa "cadena", ya que bajo el dintel de la entrada principal cuelga una cadena de hierro que obliga a cada persona que entra a inclinar la cabeza ante la santidad de la ciencia musulmana.

Sobre la entrada del medrese se ha instalado una losa con una inscripción que indica la fecha de su construcción: "Esta escuela, con la ayuda de Dios todopoderoso, fue ordenada construir por el kan Mengli Gera, hijo del kan Hadji Gera. Que Dios prolongue su reino hasta el fin de los siglos. Año 1500". El fundador de la dinastía Gera, Hadji Gera, primero se estableció en la ciudad de Crimea, hoy conocida como Vieja Crimea, y luego trasladó su residencia a Kirk-Yer. Evliya Çelebi describió este lugar como compuesto por cinco barrios y cinco santuarios. Anteriormente, había más mezquitas, baños y medreses, pero hasta nuestros días solo han sobrevivido el medrese de Mengli Gera y el hammam. En 2003 se descubrieron los cimientos del hammam, y en 2007 comenzaron las excavaciones que permitieron identificar las capas del kühlhan. En 2008 comenzaron trabajos arqueológicos más amplios en la zona de protección del medrese.

El edificio del medrese Zyndzhirly tiene una forma casi cuadrada con un patio interior rodeado por una galería, dividida en diez partes por arcos apuntados, cada una de las cuales está cubierta por una pequeña cúpula. El lado exterior de la galería está rodeado por 14 habitaciones para clases. Las investigaciones realizadas en 1961 no permitieron determinar con precisión la periodización constructiva del medrese.

Desde noviembre de 2006 hasta enero de 2010, la expedición arqueológica de Bahchisaray llevó a cabo investigaciones a gran escala para preparar los monumentos para la restauración. Dentro del medrese se investigaron las capas culturales de los siglos XIII y XIV, así como las estructuras de los pisos del siglo XVI. Se encontraron restos del período de la Horda de Oro, que fueron reenterrados en el cementerio cerca de la mezquita. En la zona de protección del medrese se abrieron los cimientos de las paredes para la impermeabilización, y frente a la fachada sur del edificio se redujo el terreno para revelar un posible portal.

Con base en la estratigrafía, se determinó que una construcción económica en la zona de protección data de mediados del siglo XX y fue demolida para trabajos posteriores. Durante las investigaciones se descubrió una mezquita frente a la fachada sur del medrese. Se realizaron catas para restaurar las cúpulas del edificio. Los hallazgos arqueológicos incluyen cerámica, una moneda de Mehmed II de 1475, restos arquitectónicos y otros artefactos que atestiguan las capas culturales de los siglos XIV y XVIII.

Se llevaron a cabo investigaciones en todas las habitaciones que rodean el patio. La superficie total de las investigaciones fue de 525 m² a una profundidad de 0,5 a 3 m. Se descubrió un sistema de abastecimiento de agua de una fuente del siglo XVI. Se excavaron los cimientos de seis columnas sobre las que descansan las cúpulas del medrese.

Durante las excavaciones se encontraron numerosos materiales arqueológicos de los siglos XV y XVIII: fragmentos de detalles arquitectónicos, lápidas, cerámica de construcción, plinfa, tejas, yeso, tuberías de agua, cerámica de arcilla roja con esmalte verde, candelabros de cerámica, tinteros, jarras y platos pintados, pipas, pulseras de vidrio, cerámica importada y productos metálicos. Estos hallazgos atestiguan el desarrollo de la producción local de cerámica vidriada, que, aunque está relacionada con productos de Persia, el Cáucaso y Turquía, tiene sus características únicas.

Las excavaciones de los últimos años muestran que parte de la cerámica vidriada fue producida por artesanos locales con materia prima local y pudo ser vendida en el lugar.