Монастырь был основан старцем Ефремом в 1659 году на месте, где, по преданию, в том же году явилась Исааковская икона Рождества Пресвятой Богородицы. После секуляризационной реформы Екатерины II в 1764 году монастырь должен был быть закрыт, но в 1766 году он стал заштатным и общежительным, то есть не получал финансирования от государства. Обитатели обеспечивали себя сами, используя собственный труд, и в то время монастырь был мужским.

В 1900 году монастырь стал женским. В 25 верстах от него находилась почтово-телеграфная станция «Семёновское». К 1909 году монастырь владел 498 десятинами и 2326 квадратными саженями земли, не считая двух десятин у мельницы на реке Ухтоме. В монастыре были построены два двухэтажных корпуса для насельниц, две деревянные гостиницы для паломников, два дома причта, скотный двор, кирпичный завод, ветряная мельница и два деревянных дома в Пошехонье. В селе Исаково работала монастырская школа. Капитал монастыря составлял 53 536 рублей, а причтовый, 24 775 рублей.

После революции 1917 года монастырь был закрыт и осквернён, в его главном храме разместились клуб и совхозная контора. К концу ХХ века здания монастыря были заброшены. В 2006 году администрация Первомайского района передала обитель Ярославской епархии Русской православной церкви для восстановления. Сейчас монастырь действует как архиерейское подворье. К 2013 году в братском корпусе освятили домовый храм во имя Серафима Саровского. В 2016 году для обители была написана икона Рождества Пресвятой Богородицы, доставленная крестным ходом. 9 февраля 2019 года, в день перенесения мощей Иоанна Златоуста, епископ Рыбинский и Даниловский Вениамин Лихоманов освятил колокола новой звонницы.