Das Kloster wurde 1659 von dem Einsiedler Ephraim an dem Ort gegründet, wo, der Überlieferung nach, im selben Jahr das Isaakowsche Ikone der Geburt der Heiligen Gottesmutter erschien. Nach der Säkularisationsreform von Katharina II. im Jahr 1764 sollte das Kloster geschlossen werden, wurde jedoch 1766 zu einem nicht-staatlichen und gemeinschaftlichen Kloster, das heißt, es erhielt keine staatliche Finanzierung. Die Bewohner versorgten sich selbst durch eigene Arbeit, und zu dieser Zeit war das Kloster männlich.

Im Jahr 1900 wurde das Kloster weiblich. 25 Werst entfernt befand sich die Post- und Telegraphenstation „Semjonowskoje“. Bis 1909 besaß das Kloster 498 Desjatinen und 2326 Quadrat-Saschen Land, ohne zwei Desjatinen an der Mühle am Fluss Uchtoma. Im Kloster wurden zwei zweigeschossige Gebäude für die Bewohnerinnen, zwei hölzerne Herbergen für Pilger, zwei Pfarrhäuser, ein Viehhof, eine Ziegelfabrik, eine Windmühle und zwei hölzerne Häuser in Poschechonje gebaut. Im Dorf Isakowo gab es eine Klosterschule. Das Kapital des Klosters betrug 53.536 Rubel, das der Pfarrei 24.775 Rubel.

Nach der Revolution von 1917 wurde das Kloster geschlossen und entweiht, in seinem Haupttempel wurden ein Klub und ein Sowchoshauptquartier untergebracht. Bis zum Ende des 20. Jahrhunderts waren die Gebäude des Klosters verlassen. Im Jahr 2006 übergab die Verwaltung des Rajons Perwomaiski das Kloster der Jaroslawler Diözese der Russisch-Orthodoxen Kirche zur Wiederherstellung. Heute fungiert das Kloster als Bischofspfarrei. Bis 2013 wurde im Brüderlichen Gebäude ein Hausaltar im Namen von Seraphim von Sarow geweiht. Im Jahr 2016 wurde für das Kloster eine Ikone der Geburt der Heiligen Gottesmutter geschrieben, die durch einen Kreuzgang gebracht wurde. Am 9. Februar 2019, am Tag der Überführung der Reliquien von Johannes Chrysostomus, weihte der Bischof von Rybinsk und Danilov, Weniamin Lichomanov, die Glocken des neuen Glockenturms.