El monasterio fue fundado por el anciano Efrem en 1659 en el lugar donde, según la tradición, apareció la icono de la Natividad de la Santísima Madre de Dios en el mismo año. Después de la reforma de secularización de Catalina II en 1764, el monasterio debía ser cerrado, pero en 1766 se convirtió en un monasterio de estado y comunitario, es decir, no recibía financiación del gobierno. Los habitantes se mantenían a sí mismos, utilizando su propio trabajo, y en ese momento el monasterio era masculino.

En 1900, el monasterio se convirtió en femenino. A 25 verstas de él se encontraba la estación de correo y telégrafo 'Semyonovskoye'. Para 1909, el monasterio poseía 498 desiatinas y 2326 varas cuadradas de tierra, sin contar dos desiatinas junto al molino en el río Ukhtoma. Se construyeron dos edificios de dos pisos para las monjas, dos casas de madera para los peregrinos, dos casas para el clero, un establo, una fábrica de ladrillos, un molino de viento y dos casas de madera en Poshekhonye. En el pueblo de Isakovo funcionaba una escuela del monasterio. El capital del monasterio era de 53,536 rublos, y el del clero, 24,775 rublos.

Después de la revolución de 1917, el monasterio fue cerrado y profanado, y en su iglesia principal se instalaron un club y una oficina de sovjós. A finales del siglo XX, los edificios del monasterio estaban abandonados. En 2006, la administración del distrito de Pervomaisky transfirió la comunidad a la diócesis de Yaroslavl de la Iglesia Ortodoxa Rusa para su restauración. Actualmente, el monasterio funciona como una residencia episcopal. Para 2013, se consagró una iglesia doméstica en el edificio del monasterio en honor a Serafim de Sarov. En 2016, se escribió un icono de la Natividad de la Santísima Madre de Dios para la comunidad, que fue entregado en una procesión. El 9 de febrero de 2019, el día de la transferencia de las reliquias de Juan Crisóstomo, el obispo de Rybinsk y Danilov, Veniamin Likhomanov, consagró las campanas de un nuevo campanario.