Le monastère a été fondé par le vieux Ephrem en 1659 à l'endroit où, selon la tradition, l'icône d'Isaac de la Nativité de la Sainte Vierge est apparue la même année. Après la réforme de la sécularisation de Catherine II en 1764, le monastère devait être fermé, mais en 1766, il est devenu hors statut et communautaire, c'est-à-dire qu'il ne recevait pas de financement de l'État. Les habitants s'assuraient eux-mêmes, utilisant leur propre travail, et à cette époque, le monastère était masculin.

En 1900, le monastère est devenu féminin. À 25 verstes de là se trouvait une station de poste et de télégraphe « Semenovskoye ». En 1909, le monastère possédait 498 dessiatines et 2326 verges carrées de terre, sans compter deux dessiatines près du moulin sur la rivière Ukhtoma. Deux bâtiments à deux étages pour les résidentes, deux auberges en bois pour les pèlerins, deux maisons pour le clergé, une étable, une briqueterie, un moulin à vent et deux maisons en bois à Poshekhonye ont été construits au monastère. Une école monastique fonctionnait dans le village d'Isakovo. Le capital du monastère s'élevait à 53 536 roubles, tandis que celui du clergé était de 24 775 roubles.

Après la révolution de 1917, le monastère a été fermé et profané, son église principale abritant un club et un bureau de sovkhoze. À la fin du XXe siècle, les bâtiments du monastère étaient abandonnés. En 2006, l'administration du district de Pervomaisk a transféré le monastère à l'Éparchie de Yaroslavl de l'Église orthodoxe russe pour restauration. Actuellement, le monastère fonctionne comme un couvent épiscopal. En 2013, une église domestique en l'honneur de Séraphim de Sarov a été consacrée dans le bâtiment des frères. En 2016, une icône de la Nativité de la Sainte Vierge a été écrite pour le monastère, livrée lors d'une procession. Le 9 février 2019, le jour du transfert des reliques de Jean Chrysostome, l'évêque de Rybinsk et de Danilov, Veniamin Likhamanov, a consacré les cloches du nouveau clocher.