Монастырь был основан около 1567 года святителем Германом Казанским как подворье Свияжского Успенского монастыря, который он возглавлял с 1555 года. Подворье упоминается в писцовой книге 1565 года. В 1594 году митрополит Казанский Гермоген, будущий Патриарх Всея Руси, просил царя Феодора Иоанновича открыть в Казани Иоанно-Предтеченский монастырь на основе этого подворья. 28 января Феодор Иоаннович издал указ об открытии монастыря.

Изначально все постройки были деревянными, но в 1649 году пожар уничтожил их. В 1649 и 1652 годах монастырь был заново отстроен в камне на средства московского купца Гавриила Фёдорова-Антипина. В центре города появился уникальный ансамбль, все здания которого были возведены практически одновременно в 1649-52 годах. За три года был построен великолепный трехшатровый Иоанно-Предтеченский собор с двумя приделами, 5-купольная Введенская церковь и восьмигранная колокольня. Первоначально трехшатровый храм назывался, возможно, Входоиерусалимским и был освящён 7 сентября 1652 года митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием. Храм имел три разновеликих шатра на восьмигранных основаниях, опиравшихся на свод. К нему примыкала трапезная с арочной галереей. Из построек того времени сохранилась 5-купольная Введенская церковь и восьмигранная колокольня. К сожалению, главный храм, Иоанно-Предтеченский собор, не сохранился. В XIX веке он был разобран из-за ветхости и заменён новым, который также был снесён в 1930-е годы. В остальном ансамбль сохранился почти без изменений и является ценным архитектурным комплексом в центре Казани.

В 1992 году монастырь был возвращен Казанской епархии. Первым игуменом стал Давид Кораблёв, постриженник Троице-Сергиевой лавры. В монастыре восстановлена рака святителя Германа с частицей его мощей. При строительстве казанского метрополитена рядом с монастырем и Никольским собором был вырыт котлован, что привело к трещинам на стенах Введенского храма. Несмотря на косметический ремонт, памятникам архитектуры был нанесен серьёзный урон.

С 1994 года в отреставрированном Введенском храме возобновились службы. Монастырь стал вторым в Казанской епархии после Раифского по времени восстановления. Он известен благотворительной деятельностью, включая единственную в Казани бесплатную столовую для нуждающихся и обеспечение временной работой бездомных.