El monasterio fue fundado alrededor de 1567 por el santo Germán de Kazán como una dependencia del monasterio de la Asunción de Sviyazhsk, que él dirigía desde 1555. La dependencia se menciona en el libro de registros de 1565. En 1594, el metropolitano de Kazán, Germogen, futuro Patriarca de toda Rusia, pidió al zar Teodoro Ioánnovich que abriera en Kazán el monasterio de San Juan Bautista basado en esta dependencia. El 28 de enero, Teodoro Ioánnovich emitió un decreto para la apertura del monasterio.

Inicialmente, todos los edificios eran de madera, pero en 1649 un incendio los destruyó. En 1649 y 1652, el monasterio fue reconstruido en piedra con fondos del comerciante moscovita Gavriil Fiódorov-Antipin. En el centro de la ciudad apareció un conjunto único, todos los edificios fueron levantados prácticamente al mismo tiempo entre 1649 y 1652. En tres años se construyó la magnífica catedral de San Juan Bautista con tres cúpulas, la iglesia de la Introducción con cinco cúpulas y el campanario octogonal. Originalmente, el templo de tres cúpulas se llamaba, posiblemente, de la Entrada a Jerusalén y fue consagrado el 7 de septiembre de 1652 por el metropolitano de Kazán y Sviyazhsk, Cornelio. El templo tenía tres cúpulas de diferentes tamaños sobre bases octogonales, apoyadas en una bóveda. A él se unía el refectorio con una galería arqueada. De las construcciones de esa época, se ha conservado la iglesia de la Introducción con cinco cúpulas y el campanario octogonal. Desafortunadamente, el templo principal, la catedral de San Juan Bautista, no se ha conservado. En el siglo XIX fue desmantelado debido a su deterioro y reemplazado por uno nuevo, que también fue demolido en los años 30. El resto del conjunto se ha mantenido casi sin cambios y es un valioso complejo arquitectónico en el centro de Kazán.

En 1992, el monasterio fue devuelto a la diócesis de Kazán. El primer abad fue David Korablióv, monje de la Lavra de la Trinidad de San Sergio. En el monasterio se restauró el relicario del santo Germán con una parte de sus reliquias. Durante la construcción del metro de Kazán, cerca del monasterio y de la iglesia de San Nicolás, se excavó una zanja, lo que provocó grietas en las paredes de la iglesia de la Introducción. A pesar de una reparación cosmética, se causó un daño serio a los monumentos arquitectónicos.

Desde 1994, se han reanudado los servicios en la iglesia de la Introducción restaurada. El monasterio se convirtió en el segundo en la diócesis de Kazán, después del de Raifa, en cuanto a tiempo de restauración. Es conocido por su labor benéfica, incluyendo la única cocina gratuita en Kazán para los necesitados y la provisión de trabajo temporal para los sin hogar.