Das Kloster wurde um 1567 von dem Heiligen Hermann von Kasan als Außenstelle des Uspenski-Klosters in Swijazhsk gegründet, das er seit 1555 leitete. Die Außenstelle wird im Katasterbuch von 1565 erwähnt. Im Jahr 1594 bat der Metropolit von Kasan, Hermogen, der zukünftige Patriarch von ganz Russland, den Zaren Fjodor Iwanowitsch, das Johannes-der-Täufer-Kloster auf Grundlage dieser Außenstelle in Kasan zu eröffnen. Am 28. Januar erließ Fjodor Iwanowitsch ein Dekret zur Eröffnung des Klosters.

Ursprünglich waren alle Gebäude aus Holz, aber 1649 zerstörte ein Feuer sie. In den Jahren 1649 und 1652 wurde das Kloster mit Steinen auf Kosten des Moskauer Kaufmanns Gawriil Fjodorow-Antipin neu errichtet. Im Stadtzentrum entstand ein einzigartiges Ensemble, dessen Gebäude praktisch gleichzeitig in den Jahren 1649-52 errichtet wurden. In drei Jahren wurde die prächtige dreikuppelige Johannes-der-Täufer-Kathedrale mit zwei Seitenkapellen, die fünfkuppelige Einführungskirche und der achteckige Glockenturm erbaut. Ursprünglich wurde der dreikuppelige Tempel möglicherweise als Eingang nach Jerusalem bezeichnet und am 7. September 1652 vom Metropoliten von Kasan und Swijazhsk, Kornilius, geweiht. Der Tempel hatte drei unterschiedlich große Kuppeln auf achteckigen Fundamenten, die auf einem Gewölbe ruhten. An ihn grenzte die Speisehalle mit einer Bogen-Galerie. Von den Bauwerken dieser Zeit sind die fünfkuppelige Einführungskirche und der achteckige Glockenturm erhalten geblieben. Leider ist der Haupttempel, die Johannes-der-Täufer-Kathedrale, nicht erhalten geblieben. Im 19. Jahrhundert wurde er wegen Baufälligkeit abgerissen und durch einen neuen ersetzt, der ebenfalls in den 1930er Jahren abgerissen wurde. Ansonsten ist das Ensemble fast unverändert erhalten geblieben und stellt einen wertvollen architektonischen Komplex im Zentrum von Kasan dar.

Im Jahr 1992 wurde das Kloster an das Bistum Kasan zurückgegeben. Der erste Abt wurde David Korabljow, ein Mönch des Dreifaltigkeits-Sergius-Klosters. Im Kloster wurde die Reliquie des Heiligen Hermann mit einem Teil seiner Gebeine wiederhergestellt. Beim Bau der Kasaner U-Bahn wurde in der Nähe des Klosters und der Nikolauskirche ein Graben ausgehoben, was zu Rissen in den Wänden der Einführungskirche führte. Trotz kosmetischer Reparaturen wurde den Denkmälern der Architektur erheblicher Schaden zugefügt.

Seit 1994 finden im restaurierten Einführungstempel wieder Gottesdienste statt. Das Kloster wurde nach dem Raif-Kloster das zweite in der Kasaner Diözese, das wiederhergestellt wurde. Es ist bekannt für seine Wohltätigkeitsarbeit, einschließlich der einzigen kostenlosen Suppenküche für Bedürftige in Kasan und der Bereitstellung von vorübergehenden Arbeitsplätzen für Obdachlose.