Le monastère a été fondé vers 1567 par le saint Germain de Kazan comme un dépendance du monastère de l'Assomption de Sviyazhsk, qu'il dirigeait depuis 1555. La dépendance est mentionnée dans le livre des recensements de 1565. En 1594, le métropolite de Kazan, Germogène, futur Patriarche de toute la Russie, a demandé au tsar Fiodor Ioannovitch d'ouvrir à Kazan le monastère de Jean-Baptiste sur la base de cette dépendance. Le 28 janvier, Fiodor Ioannovitch a émis un décret pour l'ouverture du monastère.

À l'origine, tous les bâtiments étaient en bois, mais en 1649, un incendie les a détruits. En 1649 et 1652, le monastère a été reconstruit en pierre grâce aux fonds du marchand moscovite Gavriil Fiodorov-Antipine. Un ensemble unique est apparu au centre de la ville, tous les bâtiments ayant été érigés pratiquement en même temps entre 1649 et 1652. En trois ans, la magnifique cathédrale de Jean-Baptiste à trois dômes avec deux chapelles, l'église de l'Entrée au Temple à cinq dômes et le clocher octogonal ont été construits. À l'origine, le temple à trois dômes était peut-être appelé l'Entrée à Jérusalem et a été consacré le 7 septembre 1652 par le métropolite de Kazan et de Sviyazhsk, Cornile. Le temple avait trois dômes de tailles différentes sur des bases octogonales, reposant sur une voûte. Il était adjacent à une salle à manger avec une galerie en arc. Parmi les constructions de cette époque, l'église de l'Entrée au Temple à cinq dômes et le clocher octogonal ont été conservés. Malheureusement, le temple principal, la cathédrale de Jean-Baptiste, n'a pas survécu. Au XIXe siècle, il a été démoli en raison de sa vétusté et remplacé par un nouveau, qui a également été détruit dans les années 1930. Pour le reste, l'ensemble a été conservé presque sans changements et constitue un précieux complexe architectural au centre de Kazan.

En 1992, le monastère a été restitué à l'Éparchie de Kazan. Le premier higoumène fut David Korablov, moine de la Laure de la Trinité-Saint-Serge. La châsse du saint Germain a été restaurée avec une partie de ses reliques. Lors de la construction du métro de Kazan près du monastère et de la cathédrale Saint-Nicolas, une fouille a été réalisée, ce qui a entraîné des fissures dans les murs de l'église de l'Entrée au Temple. Malgré des réparations cosmétiques, des dommages importants ont été causés aux monuments architecturaux.

Depuis 1994, les services ont repris dans l'église de l'Entrée au Temple restaurée. Le monastère est devenu le deuxième en temps de restauration dans l'Éparchie de Kazan après le monastère de Raïfa. Il est connu pour son activité caritative, y compris la seule cantine gratuite pour les nécessiteux à Kazan et la fourniture de travail temporaire aux sans-abri.